Видовое разнообразие нетуберкулёзных микобактерий, выделенных от пациентов в Иркутской области (ретроспективное исследование)

Обоснование. Иркутская область остаётся регионом с высоким бременем туберкулёза с множественной лекарственной устойчивостью и напряжённой ситуацией по ВИЧ-инфекции. Для иммунокомпрометированных лиц опасность представляет распространение нетуберкулёзных микобактерий (НТМБ), вызывающих микобактериоз лёгких – состояние, имитирующее туберкулёз, однако требующее дифференциальной диагностики и иных подходов к лечению. Региональные исследования распространения НТМБ остаются ограниченными. Низкая разрешающая способность стандартных микробиологических методик требует поиска молекулярных мишеней для видовой идентификации НТМБ.

Цель. Оценка видового разнообразия НТМБ, выделенных от пациентов с подозрением на туберкулёз и микобактериоз лёгких, в Иркутской области.

Методы. Проведён ретроспективный анализ штаммов НТМБ, полученных от 63 пациентов, проходивших лечение в ОГБУЗ «Иркутская областная клиническая туберкулёзная больница» в период с 2018 по 2024 гг. Видовая идентификация НТМБ выполнена для 50 изолятов секвенированием фрагментов гена 23S рРНК и groEL2 с последующим филогенетическим анализом.

Результаты. Среди изученных штаммов доминируют представители Mycobacterium avium complex (MAC, 65,9 %), включая M. avium (53,7 %) и M. intracellulare (12,2 %). Совместный анализ фрагмента гена 23S рРНК и groEL2 обеспечил разделение видов внутри MAC-комплекса, идентификацию широкого спектра медленнои быстрорастущих НТМБ (M. paragordonae, M. abscessus, М. fortuitum, M. holsaticum и M. farcinogenes, M. senegalense), а также немикобактериальных патогенов (Nocardia farcinica, Streptococcus oralis, Staphylococcus epidermidis, Actinomadura sp.).

Заключение. В динамике охарактеризован таксономический спектр выделенных НТМБ в Иркутской области. Секвенирование генов 23S рРНК и groEL2 позволяет преодолеть проблему идентификации НТМБ.

1. Severova L, Giller D, Enilenis I, Gadzhieva P, Shcherbakova G, Kesaev O, et al. Detection, Isolation, and Identification of Mycobacteria That Cause Nontuberculous Mycobacterial Disease and Tuberculosis. Pathogens. 2025; 14(12): 1302. doi: 10.3390/pathogens14121302

2. Савченко М.А. Клинические и эпидемиологические аспекты микобактериоза у пациентов с ВИЧ-инфекцией. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2019; 11(2): 27–33. doi: 10.22328/2077-9828-2019-11-2-27-33

3. Петров И.В., Амирова Т.Х., Петрова Л.В., Петрова Ф.С., Севастьянова Э.В., Валиев Р.И. Микробиологические и эпидемиологические особенности микобактериозов. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2020; 19(3): 89–94. doi: 10.31631/2073-3046-2020-19-3-89-94

4. Heysell SK, Ogarkov OB, Zhdanova S, Zorkaltseva E, Shugaeva S, Gratz J, et al. Undertreated HIV and drug-resistant tuberculosis at a referral hospital in Irkutsk, Siberia. Int J Tuberc Lung Dis. 2016; 20(2): 187–192. doi: 10.5588/ijtld.14.0961

5. Васильева И.А., Панова А.Е., Грачева А.Н., Байракова А.Л., Казюлина А.А., Елисеев П.И. и др. Видовое разнообразие нетуберкулезных микобактерий, выделенных у пациентов ФГБУ «НМИЦ ФПИ» Минздрава России в «доковидный» период и во время пандемии COVID-19. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2024; 26(4): 411–416. doi: 10.36488/cmac.2024.4.411-416

6. Турсунова Н.В., Гусельникова Е.П., Гордеева Е.И. Виды нетуберкулезных микобактерий, циркулирующих на территории Сибирского федерального округа. Вестник современной клинической медицины. 2024; 17(5): 113–118. doi: 10.20969/VSKM.2024.17(5).113-118

7. Старкова Д.А., Журавлев В.Ю., Вязовая А.А., Соловьева Н.С., Куликова О.Н., Нарвская О.В. Видовое разнообразие нетуберкулезных микобактерий у больных микобактериозом на территориях Северо-Западного федерального округа России. Туберкулез и болезни легких. 2019; 97(6): 16–22. doi: 10.21292/2075-1230-2019-97-6-16-22

8. Смирнова Т.Г., Андреевская С.Н., Ларионова Е.Е., Андриевская И.Ю., Устинова В.В., Черноусова Л.Н. Мониторинг видового разнообразия нетуберкулезных микобактерий в ряде областей РФ с использованием ДНК-стрипов Genotype Mycobacterium CM/AS (Hain Lifescience, Германия). Туберкулез и болезни легких. 2017; 95(5): 54–59. doi: 10.21292/2075-1230-2017-95-5-54-59

9. Zhdanova S, Mokrousov I, Orlova E, Sinkov V, Ogarkov O. Transborder molecular analysis of drug-resistant tuberculosis in Mongolia and Eastern Siberia, Russia. Transbound Emerg Dis. 2022; 69(5): e1800–e1814. doi: 10.1111/tbed.14515

10. Огарков О.Б., Синьков В.В., Кондратов И.Г., Жданова С.Н., Орлова Е.А., Хромова П.А. Разработка ПЦР-РВ метода для выявления туберкулезных и нетуберкулезных микобактерий в клиническом материале на основе полиморфизма гена белка теплового шока. Клиническая лабораторная диагностика. 2024; 69(8): 421–426. doi: 10.51620/0869-2084-2024-69-8-421-426

11. Ogarkov O, Zhdanova S, Sinkov V, Khromova P, Orlova E, Heysell S. Quantitative DST determination in a patient with sepsis from M. avium before isolation of strain. Chest. 2020; 157(6): A66. doi: 10.1016/j.chest.2020.05.075

12. Огарков О.Б., Жданова С.Н., Орлова Е.А., ХромоваП.А., Белькова Н.Л., Синьков В.В. и др. Секвенирование 16S-ITS-23S фрагмента рибосомального оперона обеспечивает необходимые и достаточные условия для идентификации микобактерий. Инфекция и иммунитет. 2022; 12(5): 976–980. doi: 10.15789/2220-7619-ROS-1871

13. Гашенко А.В., Душина Е.В. Основные тенденции эпидемиологического процесса по ВИЧ-инфекции в крупном регионе за многолетний период (на примере Иркутской области). Якутский медицинский журнал. 2026; 1(1): 80–85. doi: 10.25789/YMJ.2026.93.17

14. Андреевская С.Н., Ларионова Е.Е., Смирнова ТГ, Андриевская И.Ю., Киселева Е.А., Черноусова Л.Н. Лекарственная чувствительность медленнорастущих нетуберкулезных микобактерий. Туберкулез и болезни легких. 2016; 94(4): 43–50. doi: 10.21292/2075-1230-2016-94-4-43-50

15. Brode SK, Daley CL, Marras TK. The epidemiologic relationship between tuberculosis and non-tuberculous mycobacterial disease: a systematic review. Int J Tuberc Lung Dis. 2014; 18(11): 1370–1377. doi: 10.5588/ijtld.14.0120

16. Eliseev P, Hinderaker SG, Heldal E, Tarasova I, Grjibovski A, Mariandyshev A. Diagnosis and treatment of patients with pulmonary nontuberculous mycobacterial diseases in Arkhangelsk, Russia. Infect Genet Evol. 2019; 73: 358–361. doi: 10.1016/j.meegid.2019.05.022

17. Лямин А.В., Исматуллин Д.Д., Жестков А.В., Ковалев А.М., Барышникова Л.А., Неняйкин С.С. Сравнительный анализ методов идентификации нетуберкулезных микобактерий, выделенных из клинического материала. Инфекция и иммунитет. 2017; 7(3): 285– 291. doi: 10.15789/2220-7619-2017-3-285-291

18. Альховик О.И., Мешков И.О., Петренко Т.И., Евдокимова Л.С. Выявление нетуберкулезных микобактерий, циркулирующих в разных регионах Сибири, и анализ их лекарственной устойчивости. Туберкулез и болезни легких. 2019; 97(10): 5–11. doi: 10.21292/2075-1230-2019-97-10-5-11

19. Смирнова Т.Г., Андреевская С.Н., Ларионова Е.Е., Черноусова Л.Н., Эргешов А.Э. Смешанные популяции микобактерий у больных туберкулезом и микобактериозом: частота выявления и спектр видов. Туберкулез и социально значимые заболевания. 2023; 11(2): 19–24. doi: 10.54921/2413-0346-2023-11-2-19-24

20. Aghajani J, Farnia P, Farnia P, Ghanavi J, Saif S, Marjani M, et al. Effect of COVID-19 pandemic on incidence of mycobacterial diseases among suspected tuberculosis pulmonary patients in Tehran, Iran. Int J Mycobacteriol. 2022; 11(4): 415–422. doi: 10.4103/ijmy.ijmy_167_22

21. Bhanushali J, Jadhav U, Ghewade B, Wagh P. Unveiling the Clinical Diversity in Nontuberculous Mycobacteria (NTM) Infections: A Comprehensive Review. Cureus. 2023; 15(11): e48270. doi: 10.7759/cureus.48270

22. Hamid ME. Current Perspectives on Mycobacterium farcinogenes and Mycobacterium senegalense, the Causal Agents of Bovine Farcy. Vet Med Int. 2014; 2014: 247906. doi: 10.1155/2014/247906

23. Hoza AS, Mfinanga SGS, Moser I, König B. Isolation, biochemical and molecular identification of Nocardia species among TB suspects in northeastern, Tanzania; a forgotten or neglected threat? BMC Infect Dis. 2017; 17(1): 407. doi: 10.1186/s12879-017-2520-8

24. Luo C, Zou G, Tan Y, Zhu J, Liu X, Zou C, et al. Epidemiology and Drug Resistance of Pulmonary Nocardiosis Among Tuberculosis-Suspected Patients in Guangzhou, China. Infect Drug Resist. 2025; 18: 5557–5566. doi: 10.2147/IDR.S549436

25. Ren J, Sun P, Wang M, Zhou W, Liu Z. Insights into the role of Streptococcus oralis as an opportunistic pathogen in infectious diseases. Front Cell Infect Microbiol. 2024; 14: 1480961. doi: 10.3389/fcimb.2024.1480961

26. Sinkov VV, Orlova EA, Ogarkov OB, Suzdalnitsky AE, Kondratov IG, Belkova NL, et al. The Genome of Staphylococcus epidermidis Isolated from Caseous Tuberculoma. Russ J Genet. 2024; 60(10): 1451–1455. doi: 10.1134/S1022795424701011

27. Yu Y, Yang G, Wang Y, Jin F, Wang H, Yu Z, et al. A Rare Strain Actinomadura geliboluensis Was First Isolated from the Bronchoalveolar Lavage Fluid of a Patient with Pneumonia. Infect Drug Resist. 2023; 16: 3101–3108. doi: 10.2147/IDR.S409701

28. Лямин А.В., Жестков А.В., Исматуллин Д.Д., Ковалев А.М. Лабораторная диагностика микобактериозов. Вестник современной клинической медицины. 2017; 10(1): 29–35. doi: 10.20969/VSKM.2017.10(1).29-35