ВЫЯВЛЕНИЕ ЭПИДЕМИЧЕСКИХ СУБТИПОВ ГЕНОТИПА BEIJING MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS, ЦИРКУЛИРУЮЩИХ В ПРИМОРСКОМ КРАЕ

По данным ВОЗ, треть населения в мире инфицированы микобактериями туберкулёза, в результате чего ежегодно умирает почти 2 миллиона человек. Дальний Восток относится к территориям с высоким уровнем заболеваемости и распространённости туберкулёза. Одним из основных факторов, влияющих на распространённость туберкулёзной инфекции, является развитие МЛУ и ШЛУ. Случаи туберкулёза, связанные с развитием лекарственной устойчивости, как правило, вызваны эпидемическими штаммами МБТ. Важным является исследование распространённости ТБ на территориях с высоким бременем инфекции, к которым и относится Дальний Восток.
Целью исследования было провести генотипирование штаммов и оценить частоту распространённости субтипов CC1 и CC2 на территории Приморского края.
Материалы и методы. ДНК из 99 клинических изолятов MБT из Приморского края были отгенотипированы с использованием делеционного анализа по RD 105/207, MIRU-VNTR 24 типирования.
Результаты. Доминирующее количество штаммов относилось к генотипу Пекин (59,6 %). Экспресс-метод показал 22 изолята подтипа CC2/W148, который имел 6 различных профилей MIRU-VNTR-24. Согласно классификации MLVA MtbC 15-9 наиболее распространённым среди изолятов профиля CC2/W148 является 100-32 (59,1 %). Среди этих профилей была зарегистрирована самая высокая частота МЛУ/ШЛУ – 69,2 %. По результатам экспресс-анализа 46 изолятов с 30 различными профилями MIRU-VNTR-24 принадлежали подтипу CC1, из которых доминирующее число принадлежало 99-32 и 94-32 на долю которых приходилось одинаковое количество профилей – 15,2 %.
Выводы. Методы экспресс-генотипирования эпидемических субтипов генотипа Пекин могут иметь большое значение для эпидемиологического надзора и клинической практики. Разработанные методы позволяют определить более широкий диапазон штаммов, чем ранее используемые методы.

1. Бадлеева М.В., Жданова С.Н., Баасансурэн Э., Огарков О.Б., Эрдэнэгэрэл Н., Орлова Е.А., Оюунтуяа Т., Савилов Е.Д., Буянхишиг Б., Пунцаг Б., Нямхуу Д. Молекулярно-генетические особенности туберкулёза в Монголии и граничащих с ней регионах России // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. – 2017. – Т. 17, № 5. – С. 53–57. DOI: 10.31631/2073-3046-201716-5-53-57

2. Жданова С.Н., Огарков О.Б., Алексеева Г.И., Винокурова М.К., Синьков В.В., Астафьев В.А. Савилов Е.Д., Кравченко А.Ф. Генетическое разнообразие изолятов микобактерий туберкулёза из республики Саха (Якутия), Россия // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. – 2016 – Т. 34, № 2. – С. 43–48. DOI: 10.18821/0208-0613-2016-34-2-43-48

3. Жданова С.Н., Огарков О.Б., Винокурова М.К., Алексеева Г.И., Кравченко А.Ф., Савилов Е.Д. Моделирование эпидемического распространения генотипа Beijing Mycobacterium tuberculosis в республике Саха (Якутия) // Туберкулёз и болезни лёгких. – 2017 – Т. 95, № 7. – С. 40–47. DOI: 10.21292/2075-1230-201795-7-40-47

4. Жданова С.Н., Огарков О.Б., Синьков В.В., Хромова П.А., Орлова Е.А., Кощеев М.Е., Савилов Е.Д. Эпидемиологическое обоснование распространения основных клонов генотипа Beijing Mycobacterium tuberculosis в Иркутской области // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. – 2017. – № 6. – С. 88–94.

5. Синьков В.В., Савилов Е.Д., Огарков О.Б. Эпидемиология туберкулёза в России: эпидемиологические и исторические доказательства в пользу сценария распространения «Пекинского» генотипа M. tuberculosis в XX веке // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. – 2010. – № 6. – С. 23–28.

6. Синьков В.В., Савилов Е.Д., Огарков О.Б. Реконструкция эпидемической истории «Пекинского» генотипа Mycobacterium tuberculosis в России и странах бывшего СССР по результатам сполиготипирования // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. – 2011. – № 3. – С. 25–29.

7. Хромова П.А., Огарков О.Б., Жданова С.Н., Синьков В.В., Моисеева Е.Я., Цыренова Т.А., Кощеев М.Е., Зоркальцева Е.Ю., Савилов Е.Д. Выявление высокотрансмиссивных генотипов возбудителя в клиническом материале для прогноза неблагоприятного течения туберкулёза // Клиническая лабораторная диагностика. – 2017. – Т. 62, № 10. – С. 622-627. DOI: 10.18821/0869-2084-2017-62-10-622-627

8. Glaziou P, Falzon D, Floyd K, Raviglione M. (2013). Global epidemiology of tuberculosis. Semin Respir Crit Care Med, 34 (1), 3-16. DOI: 10.1055/s-0032-1333467

9. Günther G. (2014). Multidrug-resistant and extensively drug-resistant tuberculosis: a review of current concepts and future challenges. Clin Med (Lond), 14 (3), 279-285. DOI: 10.7861/clinmedicine.14-3-279

10. Hill V, Zozio T, Sadjkalav S, Viegas S, Streit E, Kallenius G, Rastogi N. (2012). MLVA based classification of Mycobacterium tuberculosis complex lineages for a robust phylogeographic snapshot of its worldwide molecular diversity. PLoS One, 7 (9), e41991. DOI: 10.1371/journal. pone.0041991

11. Liu Q, Luo T, Dong X, Sun G, Liu Z, Gan M, Wu J, Shen X, Gao Q. (2016). Genetic features of Mycobacterium tuberculosis modern Beijing sublineage. Emerg Microbes Infect, 5, e14. DOI: 10.1038/emi.2016.14

12. Merker M, Blin C, Mona S, Duforet-Frebourg N, Lecher S, Willery E, Blum M, Rüsch-Gerde S, Mokrousov I, Aleksic E, Allix-Béguec C, Antierens A, Augustynowicz-Kopeć E, Ballif M, Barletta F, Beck PH, Barry CE 3rd, Bonnet M, Borroni E, Campos-Herrero I, Cirillo D, Cox H, Crowe S, Crudu V, Diel R, Drobniewski F, Fauville-Dufaux M, Gagneux S, Ghebremichael S, Hanekom M, Hoffner S, Jiao W, Kalon S, Kohl TA, Kontsevaya I, Lillebæk T, Maeda S, Nikolayevskyy V, Rasmussen M, Rastogi N, Samper S, Sanchez-Padilla E, Savic B, Shamputa IC, Shen A, Sng L, Stakenas P, Toit K, Varaine F, Vukovic D, Wahl C, Warren R, Supply P, Niemann S, Wirth T. (2015). Evolutionary history and global spread of the Mycobacterium tuberculosis Beijing lineage. Nat Genet, 47 (3), 242-249. DOI: 10.1038/ ng.3195

13. Mokrousov I. (2008). Genetic geography of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: a multifacet mirror of human history? Infect Genet Evol, 8 (6), 777-785. DOI: 10.1016/j.meegid.2008.07.003

14. Reed MB, Pichler VK, McIntosh F, Mattia A, Fallow A, Masala S, Domenech P, Zwerling A, Thibert L, Menzies D, Schwartzman K, Behr MA. (2009). Major Mycobacterium tuberculosis lineages associate with patient country of origin. J Clin Microbiol, 47 (4), 1119-1128. DOI: 10.1128/JCM.02142-08

15. Seung KJ, Keshavjee S, Rich ML. (2015). Multidrugresistant tuberculosis and extensively drug-resistant tuberculosis. Cold Spring Harb Perspect Med, 5 (9), a017863. DOI: 10.1101/cshperspect.a017863

16. Shitikov E, Kolchenko S, Mokrousov I, Bespyatykh J, Ischenko D, Ilina E, Govorun V. (2017). Evolutionary pathway analysis and unified classification of East Asian lineage of Mycobacterium tuberculosis. Sci Rep, 7 (1), 9227. DOI: 10.1038/s41598-017-10018-5