Выявление Mycobacterium tuberculosis Beijing Central Asian Outbreak в Иркутской области

Актуальность. Иркутская область сохраняет высокие уровни заболеваемости туберкулёзом (ТБ) с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ). Обнаружение ассоциированных с МЛУ штаммов Mycobacterium tuberculosis в Иркутской области требует динамической оценки популяции возбудителя ТБ с учётом появления нового резистентного варианта Beijing Central Asian Outbreak (САО).

Цель исследования. Оценить изменения генотипической структуры штаммов M. tuberculosis, циркулирующих в Иркутской области за десятилетний период.

Материалы и методы. Изучено 732 штамма (196 штаммов – 2021–2022 гг., 536 штаммов – 2011–2015 гг.) методами MIRU-VNTR и SNP-типирования.

Результаты. Выявлено повышение уровня МЛУ до  67,4  % с  ростом доли пре-широкой лекарственной устойчивости (пре-ШЛУ) (33,2  %) (р  <  0,001). В современной выборке возросло доминирование генотипа Beijing (83,7 %) за счёт повышения долей субтипов B0/W148 (38,8 %) и САО (12,8 %) при стабильном общем уровне Central Asian Russian (36,8 %) и других штаммов Beijing (8,2 %). Отличные от генотипа Beijing штаммы принадлежали в основном к Евро-Американской линии (Lineage 4): LAM (8,9 %), Ural (2,7 %), Haarlem (2,0 %), S (0,5 %) и L4-unclassified (5,3 %); 25 изолятов не классифицированы. В выборке 2011–2015 гг. LAM встречался чаще, чем в современной коллекции (10,8 % против 3,6 %; p < 0,01). Рост МЛУ и пре-ШЛУ статистически значимо проявился среди штаммов Beijing B0/W148 (93,4 % против 66,1 %; р < 0,001).

Заключение. Выявлены неблагоприятные тенденции значительного распространения МЛУ и пре-ШЛУ штаммов генотипа Beijing. Среди штаммов Beijing наиболее успешны не только B0/W148, но и ранее редко встречавшийся в Сибири субтип Beijing CAO; они имеют наибольшие уровни МЛУ и пре-ШЛУ и тенденцию к широкому распространению во всех группах больных ТБ.

1. Шугаева С.Н., Савилов Е.Д., Кошкина О.Г., Чемезова Н.Н. Коинфекция ВИЧ/туберкулёз на территории высокого риска распространения обеих инфекций. Тихоокеанский медицинский журнал. 2021; 1(83): 56-58. doi: 10.34215/16091175-2021-1-56-58

2. Статистические данные о заболеваемости и смертности от туберкулёза за 2023 год в Иркутской области. 2024. URL: https://iopd.ru/smi/pokazateli-2023-goda [дата доступа: 03.05.2024].

3. Пашкевич В.А. Эпидемиология ВИЧ-инфекции на территории Иркутской области. 2024. URL: https://aids38.ru/wp-content/uploads/2024/04/Эпидемиология-ВИЧ-инфекциина-территории-ИО.pdf [дата доступа: 03.05.2024].

4. Филинюк О.В., Аллилуев А.С., Амичба Д.Э., Голубчиков П.Н., Попело Ю.С., Добкина М.Н. ВИЧ-инфекция и туберкулёз с множественной лекарственной устойчивостью: частота сочетания, эффективность лечения. Туберкулез и болезни легких. 2021; 99(2): 45-51. doi: 10.21292/2075-1230-2021-99-2-45-51

5. Жданова С.Н., Огарков О.Б., Синьков В.В., Хромова П.А., Орлова Е.А., Кощеев М.Е., и др. Эпидемиологическое обоснование распространения основных клонов генотипа Beijing Mycobacterium tuberculosis в Иркутской области. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2017; 94(6): 88-94. doi: 10.36233/0372-9311-2017-6-88-94

6. Жданова С.Н., Бадлеева М.В., Хромова П.А., Огарков О.Б., Орлова Е.А. Молекулярная эпидемиология туберкулёза c множественной лекарственной устойчивостью в Монголии и Восточной Сибири: два независимых процесса распространения доминирующих штаммов. Инфекция и иммунитет. 2021; 11(2): 337-348.

7. Merker M, Barbier M, Cox H, Rasigade JP, Feuerriegel S, Kohl TA, et al. Compensatory evolution drives multidrug-resistant tuberculosis in Central Asia. Elife. 2018; 7: e38200. doi: 10.7554/ eLife.38200

8. Shitikov E, Vyazovaya A, Malakhova M, Guliaev A, Bespyatykh J, Proshina E, et al. Simple assay for detection of the Central Asia outbreak clade of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype. J Clin Microbiol. 2019; 57(7): e00215-e002119. doi: 10.1128/JCM.00215-19

9. Федеральные клинические рекомендации по организации и проведению микробиологической и молекулярно-генетической диагностике туберкулёза. 2014. URL: https://edu.nmrc.ru/library/clinical_recommendations/# [дата доступа: 03.05.2024].

10. Жданова С.Н., Огарков О.Б., Савилов Е.Д., Кондратов И.Г. Применение молекулярно-генетических инструментов для оценки трансграничной передачи туберкулёза в Иркутской области. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2022; 2(21): 59-65. doi: 10.31631/2073-3046-2022-21-2-59-65

11. Хромова П.А., Огарков О.Б., Жданова С.Н., Синьков В.В., Моисеева Е.Я., Цыренова Т.А., и др. Выявление высокотрансмиссивных генотипов возбудителя в клиническом материале для прогноза неблагоприятного течения туберкулёза. Клиническая лабораторная диагностика. 2017; 62(10): 622-627. doi: 10.18821/0869-2084-201762-10-622-627

12. MIRU-VNTRplus web application. URL: https://www.miruvntrplus.org/MIRU/index.faces [date of access: 03.05.2024].

13. Цыбикова Э.Б. Туберкулез, сочетанный с ВИЧинфекцией, в России в период до и во время пандемии COVID-19. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2022; 14(4): 29-35. doi: 10.22328/2077-9828-2022-14-4-29-35

14. Туберкулез у взрослых: клинические рекомендации. 2022. URL: https://edu.nmrc.ru/wp-content/uploads/2023/07/%D0%9A%D0%A016.pdf [дата доступа: 24.03.2024].

15. Allix-Béguec C, Harmsen D, Weniger T, Supply P, Niemann S. Evaluation and strategy for use of MIRU-VNTRplus, a multifunctional database for online analysis of genotyping data and phylogenetic identification of Mycobacterium tuberculosis complex isolates. J Clin Microbiol. 2008; 46: 8. doi: 10.1128/jcm.00540-08

16. Vyazovaya A, Gerasimova A, Mudarisova R, Terentieva D, Solovieva N, Zhuravlev V, et al. Genetic diversity and primary drug resistance of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype strains in Northwestern Russia. Microorganisms. 2023; 11(2): 255. doi: 10.3390/microorganisms11020255

17. Shitikov E, Kolchenko S, Mokrousov I, Bespyatykh J, Ischenko D, Ilina E, et al. Evolutionary pathway analysis and unified classification of East Asian lineage of Mycobacterium tuberculosis. Sci Rep. 2017; 7(1): 9227. doi: 10.1038/s41598-017-10018-5

18. Умпелева Т.В., Белоусова К.В., Голубева Л.А., Морозова И.М., Еремеева Н.И., Вахрушева Д.В. Генетический полиморфизм возбудителя туберкулёза на территории города с ограниченной миграцией населения и высоким уровнем заболеваемости ВИЧ инфекцией. Туберкулез и болезни легких. 2019; 97(3): 40-45. doi: 10.21292/2075-1230-2019-97-3-40-45

19. Mokrousov I, Vyazovaya A, Pasechnik O, Gerasimova A, Dymova M, Chernyaeva E, et al. Early ancient sublineages of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: Unexpected clues from phylogenomics of the pathogen and human history. Clin Microbiol Infect. 2019; 25(8): 1039.e1-1039.e6. doi: 10.1016/j.cmi.2018.11.024

20. Вязовая А.А., Лебедева И.А., Ушакова Н.Б., Павлов В.В., Герасимова А.А., Соловьева Н.С., и др. Молекулярно-генетический анализ популяции Mycobacterium tuberculosis в Вологодской области – регионе с низкой заболеваемостью туберкулёзом. Инфекция и иммунитет. 2021; 11(3): 497-505. doi: 10.15789/2220-7619-MAG-1545

21. Klotoe BJ, Kacimi S, Costa-Conceicão E, Gomes HM, Barcellos RB, Panaiotov S, et al. Genomic characterization of MDR/ XDR-TB in Kazakhstan by a combination of high-throughput methods predominantly shows the ongoing transmission of L2/Beijing 94-32 central Asian/Russian clusters. BMC Infect Dis. 2019; 19(1): 553. doi: 10.1186/s12879-019-4201-2

22. Auganova D, Atavliyeva S, Amirgazin A, Akisheva A, Tsepke A, Tarlykov P. Genomic characterization of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis L2/Beijing isolates from Astana, Kazakhstan. Antibiotics (Basel). 2023; 12(10): 1523. doi: 10.3390/antibiotics12101523

23. Akhmetova A, Bismilda V, Chingissova L, Filipenko M, Akilzhanova A, Kozhamkulov U. Prevalence of Beijing Central Asian/Russian Cluster 94-32 among multidrug-resistant M. tuberculosis in Kazakhstan. Antibiotics. 2024; 13: 9. doi: 10.3390/antibiotics13010009

24. Рязанцев С.В. Трудовая миграция в Россию: мифы и контраргументы. Вестник РУДН. Серия: Экономика. 2018; 4: 718-729. doi: 10.22363/2313-2329-2018-26-4-718-729

25. Цыбикова Э.Б., Гадирова М.Э., Мидоренко Д.А. Заболеваемость туберкулёзом среди трудовых мигрантов в России. Туберкулез и болезни легких. 2021; 99(11): 35-41. doi: 10.21292/2075-1230-2021-99-1135-41