Реконструкция сайтов рекомбинации в геномных структурах штаммов генотипа 6 вируса гепатита С
Аннотация
В геномах 46 штаммов генотипа 6 вируса гепатита С посредством комплекса биоинформационных программ RDP выявлены 6 штаммов-рекомбинантов, в которых зафиксированы 7 сайтов рекомбинации. Для них определены родительские штаммы, от которых они могли быть получены. Большая часть сайтов рекомбинации приходится на область структурных генов C, E1 и E2 и неструктурных генов NS5a и NS5b. В одном штамме выявлен уникальный сайт рекомбинации в высоко консервативном гене NS3. По результатам исследования определены «горячие точки» рекомбинации в штаммах генотипа 6 вируса гепатита С.
Об авторах
Н. Е. Гаращенко
ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия
Россия
Ю. П. Джиоев
ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России; ФГБНУ «Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека»
Россия
Россия
А. И. Парамонов
ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия
Россия
Л. А. Степаненко
ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия
Россия
С. И. Малов
ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия
Россия
О. В. Колбасеева
ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия
Россия
И. В. Малов
ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия
Россия
В. И. Злобин
ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия
Россия
Список литературы
1. Калинина О.В. Вирус гепатита С: механизмы изменчивости, классификация, эволюция // Вопросы вирусологии. - 2015. - № 5. - С. 5-10
2. Чистякова М.В., Говорин А.В., Радаева Е.В., Гончарова Е.В., Морозова Е.И. Кардиогемодинамические нарушения у больных с хроническими гепатитами // Сибирский медицинский журнал (Иркутск). -2012. - № 1. - С. 51-54
3. Becher P., Tautz N. (2011). RNA recombination in pestiviruses - cellular RNA sequences in viral genomes highlight the role of host factors for viral persistence and lethal disease. RNA Biology, 8 (2), 216-224.
4. Bertrand Y., Topel M., Elvang A., Melik W., Johansson M. (2012). First dating of a recombination event in mammalian tick-borne flaviviruses. PLoS One, 7 (2), e31981.
5. Boni M.F., Posada D., Feldman M.W. (2007). An exact nonparametric method for inferring mosaic structure in sequence triplets. Genetics, 176 (2), 1035-1047.
6. Bruen T.C., Philippe H., Bryant D. (2006). A simple and robust statistical test for detecting the presence of recombination. Genetics, 172 (4), 2665-2681.
7. Choo Q.L., Kuo G., Weiner A.J., Overby L.R., Bradley D.W., Houghton M. (1989). Isolation of a cDNA clone derived from a blood-borne non-A, non-B viral hepatitis genome. Science, 244 (4902), 359-362.
8. European Association for Study of Liver (2014). EASL Clinical Practice Guidelines: Management of hepatitis C virus infection. J. Hepatol., 60 (2), 392-420.
9. Gibbs M.J., Armstrong J.S., Gibbs A.J. (2000). Sister-scanning: a Monte Carlo procedure for assessing signals in recombinant sequences. Bioinformatics, 16 (7), 573-582.
10. Huson D.H., Bryant D. (2006). Application of phylogenetic networks in evolutionary studies. Mol. Biol. Evol., 23 (2), 254-267.
11. Smith M.J. (1992). Analyzing the mosaic structure of genes. J. Mol. Evol., 34 (2), 126-129.
12. Smith D.B., Bukh J., Kuiken C., Muerhoff A.S., Rice C.M., Stapleton J.T., Simmonds P. (2014). Expanded classification of hepatitis C virus into 7 genotypes and 67 subtypes: updated criteria and genotype assignment web resource. Hepatology, 59 (1), 318-327.
13. Thompson J.D., Higgins D.G., Gibson T.J. (1994). CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucl. Acids Res., (22), 4673-4680.
14. World Health Organization (2014). Fact sheet № 164.
Рецензия
Для цитирования:
Гаращенко Н.Е., Джиоев Ю.П., Парамонов А.И., Степаненко Л.А., Малов С.И., Колбасеева О.В., Малов И.В., Злобин В.И. Реконструкция сайтов рекомбинации в геномных структурах штаммов генотипа 6 вируса гепатита С. Acta Biomedica Scientifica. 2016;1(5):100-103. https://doi.org/10.12737/23401
For citation:
Garashchenko N.E., Dzhioev Y.P., Paramonov A.I., Stepanenko L.A., Malov S.I., Kolbaseeva O.V., Malov I.V., Zlobin V.I. Reconstruction of recombination sites in genomic structures of the strains of genotype 6 of hepatitis C virus. Acta Biomedica Scientifica. 2016;1(5):100-103. (In Russ.) https://doi.org/10.12737/23401
Просмотров: 475
Послать статью по эл. почте 
