ИССЛЕДОВАНИЕ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИХ ВЗАИМООТНОШЕНИЙ ОСНОВНЫХ ГЕНОТИПОВ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS ПО 24 ЛОКУСАМ MIRU-VNTR

С помощью MIRU-VNTR типирования по 24 локусам и делеционного анализа по RD105 и RD207 среди тридцати одного изолята выявлены основные генотипы M. tuberculosis в Бурятии. Штаммы семейства Beijing составили 67,4% и имели разнообразные профили с превалированием в выборке (22,6 %) двух современных эпидемически значимых субтипов Beijing MIT17 и MIT16. Обнаружены штаммы Beijing MIT642, которые отличались числом повторов в вариабельныхлокусах, что может отражать более давнюю циркуляцию этих субтипов без формирования у них свойств эпидемически распространяющихся штаммов в современной популяции или имевших эпидемическое значение в прошлом. Так же проявилась неоднородность в ряде локусов среди штаммов, отнесенных к группе LAM, Т и Х, требующая дополнительных исследований. Целью настоящей работы было выявление современных эпидемически значимых генотипов возбудителя туберкулеза, а так же генотипов, имевших эпидемическое значение в прошлом на примере региона с высокими уровнями распространенности туберкулеза - республики Бурятии.

молекулярная эпидемиология, туберкулез, пандемический генотип M. tuberculosis, реконструкция истории эпидемий, филогения

1. Молекулярное типирование штаммов микобактерий туберкулеза в Иркутской области (Восточная Сибирь) в 2000-2005 гг. / О.Б. Огарков [и др.] // Молекулярная медицина. - 2007. - № 2. - С. 33-38.

2. Полиморфизм Mycobacterium tuberculosis, выделенных от больных туберкулезом в пенитенциарной системе Бурятии: высокая распространенность генотипа пекин / О.Б. Огарков [и др.] // Сибирский медицинский журнал (Иркутск). - 2012. - № 6. - С. 54-57.

3. Характеристика лекарственно устойчивых штаммов Mycobacterium tuberculosis с помощью молекулярно-генетических методов / С.Н. Жданова [и др.] // Сибирский медицинский журнал (Иркутск). - 2011. - № 6. - С. 228-230.

4. Evaluation of a two-step approach for large-scale, prospective genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates in the United States / L. Cowan [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2005. - № 43. - P. 688-695.

5. Extremely high prevalence of multidrug resistant tuberculosis in Murmansk, Russia: a population-based study / J. Ma'kinen [et al.] // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2011. - № 30 -Р. 1119-1126.

6. Genetic analysis of mycobacterium tuberculosis strains isolated in Ural region, Russian Federation, by MIRU-VNTR genotyping / S.Y. Kovalev [et al.] // Int. J. Tuberc. Lung Dis. - 2005. - № 9. - P. 746-752.

7. Genetic Diversity of the Mycobacterium tuberculosis Beijing Family Based on SNP and VNTR Typing Profiles in Asian Countries / Y.-Y. Chen [et al.] // PLoS ONE 7(7):e39792. doi:10.1371/journal. pone.0039792.

8. Hypervariable loci that enhance the discriminatory ability of newly proposed 15-loci and 24-locivariable-number tandem repeat typing method on Mycobacterium tuberculosis strains predominated by the Beijing family / T. Iwamoto [et al.] // FEMS Microbiol Lett. - 2007. -№ 270. - P. 67-74.

9. Large Sequence Polymorphisms Classify Mycobacterium tuberculosis Strains with Ancestral Spoligotyping Patterns / L. Flores [et al.] // J. Of Clin. Microbiol. - 2007. - № 45. - P. 3393-3395.

10. Major Mycobacterium tuberculosis Lineages Associate with Patient Country of Origin / M. Reed [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2009. - № 47. - P. 1119-1128.

11. Markelov Y., Narvskaya O. Circulation of multidrug-resistant tuberculosis pathogen strains in the Republic of Karelia // Tuberk. Bolezn. Legk. - 2010. -№ 2. - Р. 54-56.

12. Mycobacterium tuberculosis population in northwestern Russia: an update from Russian-EU-Latvian border region / I. Mokrousov [et al.] // PLoS One. 2012;7(7):e41318. doi: 10.1371/journal. pone.0041318.

13. Narvskaya O., Mokrousov I., Otten T., Vishnevsky B. Molecular markers: application for studies of Mycobacterium tuberculosis population in Russia / Read M.M., editor. Trends in DNA fingerprinting research // Nova Science Publishers. - 2005. - №7. - P. 111-125.

14. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variablenumber tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis / P. Supply [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2006. - № 44. - Р. 498-510.

15. Spread of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing genotype in the Archangel Oblast, Russia / O.S. Toungoussova [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2002. - № 40. - Р. 1930-1937.

16. The genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis and an assessment of risk factors of tuberculosis spread in Russia's Siberian region by molecular epidemiological methods / O.V. Norkina [et al.] // Mol. Gen. Mikrobiol. Virusol. - 2003. - № 3. - Р. 9-18.

17. Velji P., Nikolayevskyy V., Brown T., Drobniewski F. Discriminatory ability of hypervariable variable number tandem repeat loci in population-basedanalysis of Mycobacterium tuberculosis strains, London, UK // Emerg. Infect. Dis. - 2009. - № 15. - Р. 1609-1616.

18. World Health Organization, Annual Meeting of the European Network for TB Surveillance in Europe, Dubrovnik, Croatia 25-26 May: Tech. rep.: WHO. - 2009.