Молекулярно-генетическая характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis из Красноярского края

Обоснование. Несмотря на улучшение общей эпидемиологической ситуации по туберкулезу (ТБ) в Красноярском крае, распространение множественной и преширокой лекарственной устойчивости (МЛУ и пре-ШЛУ) возбудителя остается серьезной проблемой, требующей комплексного анализа факторов, в том числе и оценки циркулирующей популяции Mycobacterium tuberculosis.

Цель исследования. Провести оценку молекулярно-генетической структуры штаммов M. tuberculosis из Красноярского края.

Материалы и методы. Изучено 400 штаммов за 2024 год методом SNP–типирования, для идентификации генотипов группы non-Beijing проведено MIRUVNTR-24 типирование.

Результаты. В выборке штаммов M. tuberculosis выявлены высокие уровни МЛУ (64,5 %), в том числе пре-ШЛУ (45,0 %) и ШЛУ (1,5 %). Было обнаружено доминирование изолятов линии L2 (генотип Beijing) как среди впервые выявленных случаев (72,1 %) и ранее леченых пациентов (85,6 %). Штаммы non-Beijing относились к генотипам линии L4 (LAM, Ural, Haarlem и S). Наиболее распространёнными субтипами генотипа Beijing были В0/W148 (49,5 %; 198/400) и Central Asian Russian (25,0 %; 99/400), они значительно отличались по уровням МЛУ (96,5 % и 36,4 % соответственно по субтипам; р < 0,001). Штаммы Beijing B0/W148 имели самые высокие уровни пре-ШЛУ (71,7 %) и ШЛУ (3,0 %). МЛУ среди штаммов L4 (30,1 %) была значительно ниже по сравнению с Beijing (76,4 %) (р < 0,001). Штаммы больных с ВИЧ-ТБ встречались чаще с профилем МЛУ (74,4 %), чем у пациентов без ВИЧ-инфекции (60,4 %) (р = 0,008) на фоне более высокого присутствия Beijing В0/W148 в группе ВИЧ-ТБ (59,8 % против 45,2 %; р = 0,008).

Заключение. Штаммы Beijing B0/W148 составляют около половины исследуемой выборки и вносят значительный вклад в пре-ШЛУ (78,9 %) и ШЛУ (100 %), что требует дальнейшего наблюдения и усиления контроля эффективности лечения.

1. Global tuberculosis report 2024. Geneva: World Health Organization; 2024. Licence: CC BY-NC-SA 3.0 IGO. URL: https://www.who.int/teams/global-programme-on-tuberculosis-and-lung-health/tb-reports/global-tuberculosis-report-2024 [date of access: Jul 18, 2025].

2. Васильева И.А. Вопросы повышения качества противотуберкулезных мероприятий в Российской Федерации. 2023. URL: https://orenotd.orb.ru/upload/uf/6bc/r5ddprn0bgm612smhnqzvkxerk99qp2e/Vasileva-28.09.2023-VKS-Minzdrav-_5_5_-.pdf. [date of access: Jul 18, 2025].

3. Андреевская С.Н., Ларионова Е.Е., Киселева Е.А., Черноусова Л.Н., Эргешов А.Э. Сравнительная молекулярно-генетическая характеристика культур Mycobacterium tuberculosis, выделенных в Европейской части Российской Федерации в 1998–2003 гг. и 2016– 2021 гг. Туберкулез и болезни легких. 2023; 101(3): 27-36. doi: 10.58838/2075-1230-2023101-3-27-36

4. Павленок И.В., Турсунова Н.В., Лацких И.В., Нарышкина С.Л., Смолина Е.А. Основные показатели противотуберкулезной деятельности в Сибирском и Дальневосточном федеральном округе (статистические материалы). – Новосибирск: 2023; 111..

5. Туберкулез у взрослых. 2024. Клинические рекомендации. URL: https://rof-tb.ru/upload/iblock/140/r9ijz6oxq65de3ud5unrvzfaph7hg7wi.pdf. [date of access: Jul 18, 2025].

6. Лебедева И.Б., Жданова С.Н., Кондратов И.Г., Сибиль К.В., Огарков О.Б., Брусина Е.Б. Генетическая структура и лекарственная устойчивость популяции Mycobacterium tuberculosis в Кемеровской области – Кузбассе. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2023; 100(6): 428-441. doi: 10.36233/03729311-449

7. Жданова С.Н., Вязовая А.А., Лебедева И.Б., Синьков В.В., Кондратов И.Г., Шварц Я.Ш., и др. Циркуляция штаммов Mycobacterium tuberculosis Beijing Central Asian Outbreak в Кемеровской области — Кузбассе в 2018–2022 годах. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024; 101(5): 628-640. doi: 10.36233/0372-9311-571

8. Shitikov E, Bespiatykh D. A revised SNP-based barcoding scheme for typing Mycobacterium tuberculosis complex isolates. mSphere. 2023; 8(4): e0016923. doi: 10.1128/msphere.00169-23

9. Мокроусов И.В., Вязовая А.А., Бадлеева М.В., Герасимова А.А., Белопольская О.Б., Машарский А.Э., и др. Молекулярная детекция и филогеография гипервирулентного субтипа Мycobacterium tuberculosis Вeijing 14717-15. Инфекция и иммунитет. 2023; 13(1): 91-99. doi: 10.15789/2220-7619-MDA-2082

10. Shitikov E, Kolchenko S, Mokrousov I, Bespyatykh J, Ischenko D, Ilina E, et al. Evolutionary pathway analysis and unified classification of East Asian lineage of Mycobacterium tuberculosis. Sci Rep. 2017; 7(1): 9227. doi: 10.1038/s41598-017-10018-5

11. Merker M, Blin C, Mona S, Duforet-Frebourg N, Lecher S, Willery E, et al. Evolutionary history and global spread of the Mycobacterium tuberculosis Beijing lineage. Nat. Genet. 2015; 47(3): 242-249. doi: 10.1038/ng.3195

12. ВОЗ. Глобальная стратегия геномного эпиднадзора за возбудителями болезней, обладающих пандемическим и эпидемическим потенциалом, 2022–2032 гг. Женева: Всемирная организация здравоохранения; 2022. URL: https://cdn.who.int/media/docs/default-source/genomic-surveillance-strategy/ru-who_genomics-infographic.pdf. [date of access: Jul 18, 2025].

13. Акимкин В.Г., Семененко Т.А., Хафизов К.Ф., и др. Стратегия геномного эпидемиологического надзора. Проблемы и перспективы. Журнал Микробиологии Эпидемиологии и Иммунобиологии. 2024; 101(2): 163–172. doi: 10.36233/0372-9311-507

14. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2023 году: Государственный доклад. Москва: Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, 2024: 364 с. URL: https://www.rospotrebnadzor.ru/documents/details.php?ELEMENT_ID=27779 [date of access: Jul 18, 2025].

15. Васильева И.А., Стерликов С.А., Тестов В.В., Михайлова Ю.В., Голубев Н.А., Кучерявая Д.А., и др. Ресурсы и деятельность противотуберкулёзных организаций Российской Федерации в 2022–2023 гг. М.: РИО ЦНИИОИЗ, 2024: 94 с. URL: https://edu.nmrc.ru/wp-content/uploads/2024/12/%D0%A0%D0%B5%D1%81%D1%83%D1%80%D1%81%D1%8B-.pdf. [date of access: Jul 18, 2025].

16. Mokrousov I, Badleeva M, Mudarisova R, Kozhevnikov V, Markhaev A, Guntupova A, et al. Increasing circulation of multi-drug resistant tuberculosis strains in Buryatia, high-burden and ethnically diverse region in the Russian Far East. Tuberculosis (Edinb). 2024; 149: 102555. doi: 10.1016/j.tube.2024.102555

17. Vyazovaya A, Felker I, Schwartz Y, Mokrousov I. Population structure of Mycobacterium tuberculosis from referral clinics in Western Siberia, Russia: Before and during the Covid-19 pandemic. Infect Genet Evol. 2022; 103: 105343. doi: 10.1016/j.meegid.2022.105343

18. Жданова С.Н., Кондратов И.Г., Огарков О.Б. Выявление Mycobacterium tuberculosis Beijing Central Asian Outbreak в Иркутской области. Acta Biomedica Scientifica. 2024; 9(4): 237-247. doi: 10.29413/ABS.2024-9.4.26

19. Casali N, Nikolayevskyy V, Balabanova Y, Harris SR, Ignatyeva O, Kontsevaya I, et al. Evolution and transmission of drug-resistant tuberculosis in a Russian population. Nature Genet. 2014; 46(3): 279–286. doi: 10.1038/ng.2878

20. Zhdanova S, Jiao WW, Sinkov V, Khromova P, Solovieva N, et al. Insight into Population Structure and Drug Resistance of Pediatric Tuberculosis Strains from China and Russia Gained through Whole-Genome Sequencing. International Journal of Molecular Sciences. 2023; 24(12): 10302. doi: 10.3390/ijms241210302

21. Guo S, Chongsuvivatwong V, Lei S. Comparison on Major Gene Mutations Related to Rifampicin and Isoniazid Resistance between Beijing and Non-Beijing Strains of Mycobacterium tuberculosis: A Systematic Review and Bayesian Meta-Analysis. Genes (Basel). 2022; 13(10): 1849. doi: 10.3390/genes13101849

22. Vyazovaya A, Gerasimova A, Mudarisova R, Terentieva D, Solovieva N, Zhuravlev V, et al. Genetic Diversity and Primary Drug Resistance of Mycobacterium tuberculosis Beijing Genotype Strains in Northwestern Russia. Microorganisms. 2023; 11(2): 255. doi: 10.3390/microorganisms11020255

23. Schwartz Y, Vyazovaya A, Tursunova N, Mokrousov I. Impact of the COVID-19 pandemic on the epidemiology and clinical course of tuberculosis: expected and paradoxical consequences. BMC Infect Dis. 2025; 25(1): 417. doi: 10.1186/s12879-025-10793-x

24. Жданова С.Н., Винокурова М.К., Кондратов И.Г., Евдокимова Н.Е., Синьков В.В., Алексеева Г.И., и др. Изменения молекулярно-генетической структуры Mycobacterium tuberculosis в Республике Саха (Якутии) за 2009–2024 годы: распространение субтипа Beijing B0/W148. Acta Biomedica Scientifica. 2025; 10(2): 239-248. doi: 10.29413/ABS.2025-10.2.24

25. Mokrousov I, Vinogradova T, Dogonadze M, Zabolotnykh N, Vyazovaya A, Vitovskaya M, et al. A multifaceted interplay between virulence, drug resistance, and the phylogeographic landscape of Mycobacterium tuberculosis. Microbiol Spectr. 2023; 11(5): e0139223. doi: 10.1128/spectrum.01392-23

26. Mokrousov I. Origin and dispersal of the Mycobacterium tuberculosis Haarlem genotype: Clues from its phylogeographic landscape and human migration. Mol Phylogenet Evol. 2024; 195: 108045. doi: 10.1016/j.ympev.2024.108045

27. Цыбикова Э.Б. Туберкулез, сочетанный с ВИЧ-инфекцией, в России в период до и во время пандемии COVID-19. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2022; 14(4): 29-35. doi: 10.22328/2077-9828-2022-14-4-29-35

28. Saavedra Cervera B, López MG, Chiner-Oms Á, García AM, Cancino-Muñoz I, Torres-Puente M, et al. Finegrain population structure and transmission patterns of Mycobacterium tuberculosis in southern Mozambique, a high TB/HIV burden area. Microb Genom. 2022; 8(7): mgen000844. doi: 10.1099/mgen.0.000844