COMPARATIVE ANALYSIS OF THE PHYSICOCHEMICAL PROPERTIES OF AMINO ACID RESIDUES WITHIN THE VARIOUS EMBODIMENTS OF THE ENVELOPE PROTEIN E TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS
Abstract
The article considers variability of antigen protein E of different tick-borne encephalitis (TBE) strains at the level of physicochemical properties of amino acid residues. The authors evaluated variety of properties of protein amino acids involved in antigen-antibody interaction. 180 variants of TBEVE protein in database NCB1 were detected, differing in physical and chemical properties of amino acid residues. This implies that natural variants of TBEV strains can potentially be detected, that escaped from the immune response induced by standard vaccine.
About the Authors
Yu. S. Bukin
Limnological Institute SB RAS; National Research Irkutsk State Technical University
Russian Federation
Russian Federation
Yu. P. Dzhioev
Scientific Center of Family Health Problems and Human Reproduction; Irkutsk State Medical University
Russian Federation
Russian Federation
I. V. Kozlova
Scientific Center of Family Health Problems and Human Reproduction
Russian Federation
Russian Federation
D. .. Ruzek
Institute of Parasitology, Ceske Budejovice, Czech Republic; Veterinary Institute
Russian Federation
Russian Federation
V. I. Zlobin
Irkutsk State Medical University
Russian Federation
Russian Federation
References
1. Баженов А.И., Эльгорт Д.А., Фельдшерова А.А. Выявление антител к мутантным формам HBSAG у лиц, иммунизированных против гепатита B вакцинами разных субтипов // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2011. - № 5. - C. 49-53
2. Воробьева М.С., Расщепкина М.Н., Ладыженская И.П. Вакцины, иммуноглобулины и тест-системы для профилактики и диагностики клещевого энцефалита // Вопросы вирусологии. - 2007. - № 6. - P. 30-36
3. Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Козлова И.В., Верхозина М.М., и др. Генотипы 4 и 5 вируса клещевого энцефалита: особенности структуры геномов возможный сценарий их формирования // Вопросы вирусологии. - 2012. - № 4. - С. 13-19
4. Злобин В.И. Клещевой энцефалит в Российской Федерации: современное состояние проблемы и стратегия профилактики // Вопросы вирусологии. - 2005. - № 3. - C. 26-31
5. Парамонов А.И., Козлова И.В., Верхозина М.М., Джиоев Ю.П., и др. Генетическая и экологическая характеристика оригинального варианта вируса клещевого энцефалита («группа 886»), циркулирующего в Байкальском регионе // Бюллетень ВСНЦ СО РАМН. - 2013. - № 2, Ч. 2. - С. 124-129
6. Столбиков А.С., Букин Ю.С., Джиоев Ю.П, Злобин В.И. Биоинформационный поиск вариантов а-антигенной детерминанты белка S вируса гепатита B для создания поливалентной вакцины / / Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2014. - № 3. - C. 94-104
7. Goodman J.L., Dennis D.T., Sonenshine D.E. Tick-borne encephalitis. Tick-borne diseases of humans. - Washington, DC: ASM Press, 2005. - 151 p.
8. Demina T.V., Dzhioev Yu.P., Verkhozina M.M., Kozlova I.V. et al. Genetic variability research and genotyping of tick-borne encephalitis virus by means of desoxyoligonu- cleotide probes // Journal of Medical Virology. - 2010. - N 82. - Р. 965-976.
9. Kovalev S.Y., Mukhacheva T.A., Kokorev V.S., Belyaeva I.V. Tick-borne encephalitis virus: reference strain Sofjin and problem of its authenticity // Virus Genes. - 2012. - N 2. - P. 217-224.
10. Mathura V.S., Kolippakkam D. APDbase: Amino acid physicochemical properties database // Bioinformation. - 2005. - N 1. - P. 2-4.
11. Pele J., Jean-Michel Becu J., Abdi H., Chabbert M. Bios2mds: an R package for comparing orthologous protein families by metric multidimensional scaling // BMC Bionformatics. - 2012. - N 13. - P. 133.
12. Rey F.A., Heinz F.X., Mandl C., Kunz C., Harrison S.C. The envelope glycoprotein from tick-borne encephalitis virus at 2 are solution // Nature. - 1995. - N 375. - P. 291-298.
Review
For citations:
Bukin Yu.S., Dzhioev Yu.P., Kozlova I.V., Ruzek D..., Zlobin V.I. COMPARATIVE ANALYSIS OF THE PHYSICOCHEMICAL PROPERTIES OF AMINO ACID RESIDUES WITHIN THE VARIOUS EMBODIMENTS OF THE ENVELOPE PROTEIN E TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS. Acta Biomedica Scientifica. 2014;(6):84-88. (In Russ.)
Views:
501
.png)
Email this article 
