Обнаружение и молекулярно-генетическая характеристика сегментированного флавиподобного вируса Янггоу в клещах Dermacentor nuttalli Ol. (1929) на территории Бурятии

Неблагополучная эпидемиологическая ситуация с трансмиссивными инфекциями, переносимыми клещами, может характеризоваться не  только ростом встречаемости уже  известных заболеваний, но  и  выявлением новых нозологических форм и возбудителей, роль которых пока остаётся малоизученной. Примером таких возбудителей является вирус Янггоу (YGTV, Yanggou tick virus), относящийся к группе сегментированных флавиподобных вирусов.

Цель исследования. Поиск и молекулярно-генетическая характеристика генетических вариантов YGTV, обнаруженных в клещах Dermacentor nuttalli Ol. (1929) на территории Республики Бурятия.

Материалы и методы. В исследовании проанализировано 350 индивидуальных образцов имаго клещей вида D. nuttalli, собранных в весенне-летний период 2023 г. на территории пяти районов Республики Бурятия. Выявление РНК YGTV выполняли с помощью метода полимеразной цепной реакции с  последующим определением нуклеотидной последовательности и  проведением филогенетического анализа для каждого из 4 сегментов генома.

Результаты. В  пробе клеща D.  nuttalli, отловленного на  территории Иволгинского района Республики Бурятия, была обнаружена РНК YGTV, что в дальнейшем было подтверждено секвенированием полученного фрагмента генома. Встречаемость РНК YGTV среди исследуемых клещей D. nuttalli в Бурятии составила 0,3 % (95%-й доверительный интервал: 0,1–1,6). Были разработаны праймеры, позволяющие получить фрагменты всех четырёх сегментов генома YGTV. Выявленный генетический вариант YGTV при проведении филогенетического анализа по всем четырём сегментам отчётливо группируется с последовательностями YGTV, обнаруженными ранее в Китае и России (Республика Горный Алтай и Тыва). Наибольшую степень идентичности выявленный вариант показывает с прототипом Erzin14-T20074.

Заключение. В исследовании впервые показано наличие YGTV на территории Республики Бурятия, что актуализирует необходимость мониторинга циркуляции этого вируса в природных очагах инфекций, переносимых клещами на этой территории, а также дальнейшего уточнения границ распространения флавиподобных вирусов, потенциально опасных для человека.

1. Данчинова Г.А., Хаснатинов М.А., Арбатская Е.В., Шобоева Р.С., Ханхареев С.С., Абмэд Д., и др. Распространение клещевых инфекций в бассейне р. Селенга на территории Республик Бурятия и Монголия. Acta biomedica scientifica. 2012; 5(1): 206-209.

2. Данчинова Г.А., Ляпунов А.В., Хаснатинов М.А. Туризм и проблема «клещевых» инфекций в Республике Бурятия. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2015; 14(5): 36- 43. doi: 10.31631/2073-3046-2015-14-5-36-43

3. Данчинова Г.А., Хаснатинов М.А., Злобин В.И., Козлова И.В., Верхозина М.М., Сунцова О.В., и др. Иксодовые клещи юга Восточной Сибири и Монголии и их спонтанная зараженность возбудителями природно-очаговых трансмиссивных инфекций. Бюллетень сибирской медицины. 2006; 5: 137-143. doi: 10.20538/1682-0363-2006-137-143

4. Данчинова Г.А., Хаснатинов М.А., Шулунов С.С., Арбатская Е.В., Бадуева Л.Б., Сунцова О.В., и др. Фауна и экология популяций иксодовых клещей переносчиков клещевых инфекций в Прибайкалье. Acta biomedica scientifica. 2007; (3): 86-89.

5. Cai X, Cai X, Xu Y, Shao Y, Fu L, Men X, et al. Virome analysis of ticks and tick-borne viruses in Heilongjiang and Jilin provinces, China. Virus Res. 2023; 323: 199006. doi: 10.1016/j.virusres.2022.199006

6. Li Y, Bai Y, Liu W, Li J, Tian F, Han X, et al. Diversity analysis of tick-associated viruses in Northeast China. Virol Sin. 2023; 38(6): 961-965. doi: 10.1016/j.virs.2023.10.003

7. Qin XC, Shi M, Tian JH, Lin XD, Gao DY, He JR, et al. A tickborne segmented RNA virus contains genome segments derived from unsegmented viral ancestors. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014; 111(18): 6744-6749. doi: 10.1073/pnas.1324194111

8. Maruyama SR, Castro-Jorge LA, Ribeiro JM, Gardinassi LG, Garcia GR, Brandão LG, et al. Characterisation of divergent flavivirus NS3 and NS5 protein sequences detected in Rhipicephalus microplus ticks from Brazil. Mem Inst Oswaldo Cruz. 2014; 109(1): 38-50. doi: 10.1590/0074-0276130166

9. Colmant AMG, Charrel RN, Coutard B. Jingmenviruses: Ubiquitous, understudied, segmented flavi-like viruses. Front Microbiol. 2022; 13: 997058. doi: 10.3389/fmicb.2022.997058

10. Temmam S, Bigot T, Chrétien D, Gondard M, Pérot P, Pommelet V, et al. Insights into the host range, genetic diversity, and geographical distribution of jingmenviruses. mSphere. 2019; 4(6): e00645-19. doi: 10.1128/mSphere.00645-19

11. Zhang X, Wang N, Wang Z, Liu Q. The discovery of segmented flaviviruses: Implications for viral emergence. Curr Opin Virol. 2020; 40: 11-18. doi: 10.1016/j.coviro.2020.02.001

12. Kholodilov IS, Litov AG, Klimentov AS, Belova OA, Polienko AE, Nikitin NA, et al. Isolation and characterisation of Alongshan virus in Russia. Viruses. 2020; 12(4): 362. doi: 10.3390/v12040362

13. Bugmyrin SV, Romanova LY, Belova OA, Kholodilov IS, Bespyatova LA, Chernokhaeva LL, et al. Pathogens in Ixodes persulcatus and Ixodes ricinus ticks (Acari, Ixodidae) in Karelia (Russia). Ticks Tick Borne Dis. 2022; 13(6): 102045. doi: 10.1016/j.ttbdis.2022.102045

14. Kholodilov IS, Belova OA, Ivannikova AY, Gadzhikurbanov MN, Makenov MT, Yakovlev AS, et al. Distribution and characterisation of tick-borne flavi-, flavi-like, and phenuiviruses in the Chelyabinsk region of Russia. Viruses. 2022; 14(12): 2699. doi: 10.3390/v14122699

15. Kholodilov IS, Belova OA, Morozkin ES, Litov AG, Ivannikova AY, Makenov MT, et al. Geographical and tick-dependent distribution of flavi-like Alongshan and Yanggou tick viruses in Russia. Viruses. 2021; 13(3): 458. doi: 10.3390/v13030458

16. Карташов М.Ю., Кривошеина Е.И., Курушина В.Ю., Мошкин А.Б., Ханхареев С.С., Биче-оол Ч.Р., и др. Встречаемость и генетическое разнообразие вируса Алонгшан (Flaviviridae), выявленного в клещах на юге Восточной Сибири. Вопросы вирусологии. 2024; 69(2): 151-161. doi: 10.36233/0507-4088-223

17. Tamura K, Stecher G, Kumar S. MEGA11: Molecular evolutionary genetics analysis version 11. Mol Biol Evol. 2021; 38(7): 3022-3027. doi: 10.1093/molbev/msab120

18. Marshall OJ. PerlPrimer: Cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics. 2004; 20(15): 2471-2472. doi: 10.1093/bioinformatics/bth254

19. Wu Z, Zhang M, Zhang Y, Lu K, Zhu W, Feng S, et al. Jingmen tick virus: An emerging arbovirus with a global threat. mSphere. 2023; 8(5): e0028123. doi: 10.1128/msphere.00281-23

20. Jia N, Liu HB, Ni XB, Bell-Sakyi L, Zheng YC, Song JL, et al. Emergence of human infection with Jingmen tick virus in China: A retrospective study. EBioMedicine. 2019; 43: 317-324. doi: 10.1016/j.ebiom.2019.04.004

21. Ladner JT, Wiley MR, Beitzel B, Auguste AJ, Dupuis AP 2nd, Lindquist ME, et al. Multicomponent animal virus isolated from mosquitoes. Cell Host Microbe. 2016; 20(3): 357-367. doi: 10.1016/j.chom.2016.07.011

22. Souza WM, Fumagalli MJ, Torres Carrasco AO, Romeiro MF, Modha S, Seki MC, et al. Viral diversity of Rhipicephalus microplus parasitizing cattle in southern Brazil. Sci Rep. 2018; 8(1): 16315. doi: 10.1038/s41598-018-34630-1

23. Emmerich P, Jakupi X, von Possel R, Berisha L, Halili B, Günther S, et al. Viral metagenomics, genetic and evolutionary characteristics of Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus in humans, Kosovo. Infect Genet Evol. 2018; 65: 6-11. doi: 10.1016/j.meegid.2018.07.010