Дупликация Xq12q13.2, выявленная у ребёнка в рамках селективного экзомного скрининга

Обоснование. В рамках регионального пилотного проекта по селективному экзомному скринингу новорождённых детей, который осуществляется на базе ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И. Кулакова» Минздрава России, проводится молекулярно-генетическое обследование детей, соответствующих критериям включения в группу повышенного риска по реализации наследственных заболеваний. Обследуют детей не только с подозрением на генетическую этиологию состояния, но ис пограничными клинико-лабораторными проявлениями и малыми аномалиями развития.

Цель исследования.  Описать клинико-фенотипические особенности у пациента с выявленной ранее неописанной дупликацией Xq12q13.2 в неонатальном периоде.

Материалы и методы. Ребёнок был обследован в рамках регионального пилотного проекта по селективному экзомному скринингу новорождённых детей. Из биологического образца венозной крови новорождённого была выделена ДНК, проведены последовательно полноэкзомное секвенирование и хромосомный микроматричный анализ. От законных представителей пробанда получены подписанные информированные добровольные согласия на публикацию данных обследования и фотографии ребёнка.

Результаты. У пациента, вошедшего в проект в соответствии с клиническими критериями формирования группы риска,  по данным проведённого полноэкзомного секвенирования получены данные в пользу наличия ранее не описанной дупликации Xq12q13.2, подтверждённой референсным методом.

Обсуждение. У пробанда из настоящего клинического наблюдения с неспецифическими клиническими проявлениями в неонатальном периоде выявлена дупликация Xq12q13.2. Похожие дупликации описаны в литературе у трёх пациентов с врождёнными пороками развития, эпилепсией и задержкой психомоторного развития. Ранняя диагностика такого нарушения числа копий   определить прогноз и тактику наблюдения и лечения пациента.

Заключение. Описанный случай дупликации Xq12q13.2 у пациента демонстрирует важность своевременного генетического анализа для оптимизации медико-генетического консультирования, сокращения диагностического поиска и улучшения прогноза для пациентов.

1. Lupski JR. Structural variation mutagenesis of the human genome: Impact on disease and evolution. Environ Mol Mutagen. 2015; 56(5): 419-436. doi: 10.1002/em.21943

2. Yuan H, Shangguan S, Li Z, Luo J, Su J, Yao R, et al. CNV profiles of Chinese pediatric patients with developmental disorders. Genet Med. 2021; 23(4): 669-678. doi: 10.1038/s41436-020-01048-y

3. Harel T, Lupski JR. Genomic disorders 20 years on – Mechanisms for clinical manifestations. Clin Genet. 2018; 93(3): 439-449. doi: 10.1111/cge.13146

4. 100,000 Genomes Project Pilot Investigators; Smedley D, Smith KR, Martin A, Thomas EA, McDonagh EM, et al. 100,000 genomes pilot on rare-disease diagnosis in health care – Preliminary report. N Engl J Med. 2021; 385(20): 1868-1880. doi: 10.1056/NEJMoa2035790

5. Li YR, Glessner JT, Coe BP, Li J, Mohebnasab M, Chang X, et al. Rare copy number variants in over 100,000 European ancestry subjects reveal multiple disease associations. Nat Commun. 2020; 11(1): 255. doi: 10.1038/s41467-019-13624-1

6. Gabrielaite M, Torp MH, Rasmussen MS, Andreu-Sánchez S, Vieira FG, Pedersen CB, et al. A comparison of tools for copy-number variation detection in germline whole exome and whole genome sequencing data. Cancers. 2021; 13(24): 6283. doi: 10.3390/ cancers13246283

7. Louw N, Carstens N, Lombard Z; for DDD-Africa as members of the H3Africa Consortium. Incorporating CNV analysis improves the yield of exome sequencing for rare monogenic disorders – An important consideration for resource-constrained settings. Front Genet. 2023; 14: 1277784. doi: 10.3389/fgene.2023.1277784

8. Померанцева Е.А., Докшукина А.А., Дегтярева А.В., Масленников Д.Н., Трофимов Д.Ю., Дегтярев Д.Н. Критерии оценки фенотипа новорожденного для формирования группы повышенного риска генетических заболеваний. Неонатология: новости, мнения, обучение. 2022; 10(4): 47-53. doi: 10.33029/2308-2402-2022-10-4-47-53

9. Petit F, Andrieux J, Holder-Espinasse M, Bouquillon S, Pennaforte T, Storme L, et al. Xq12q13.1 microduplication encompassing the EFNB1 gene in a boy with congenital diaphragmatic hernia. Eur J Med Genet. 2011; 54(5): e525-e527. doi: 10.1016/j.ejmg.2011.06.011

10. Krepischi ACV, Villela D, da Costa SS, Mazzonetto PC, Schauren J, Migliavacca MP, et al. Chromosomal microarray analyses from 5778 patients with neurodevelopmental disorders and congenital anomalies in Brazil. Sci Rep. 2022; 12(1): 15184. doi: 10.1038/s41598-022-19274-6

11. Лебедев И.Н., Шилова Н.В., Юров И.Ю., Малышева О.В., Твеленева А.А., Миньженкова М.Е., и др. Рекомендации Российского общества медицинских генетиков по хромосомному микроматричному анализу. Медицинская генетика. 2023; 22(10): 3-47. doi: 10.25557/20737998.2023.10.3-47

12. Levy B, Wapner R. Prenatal diagnosis by chromosomal microarray analysis. Fertil Steril. 2018; 109(2): 201-212. doi: 10.1016/j.fertnstert.2018.01.005

13. Teles TM, Paula CM, Ramos MG, Costa HB, Andrade CR, Coxir SA, et al. Frequency of chromosomal abnormalities in products of conception. Rev Bras Ginecol Obstet. 2017; 39(03): 110-114. doi: 10.1055/s-0037-1600521

14. Genovese A, Butler MG. Clinical assessment, genetics, and treatment approaches in autism spectrum disorder (ASD). Int J Mol Sci. 2020; 21(13): 4726. doi: 10.3390/ijms21134726

15. Bedeschi MF, Novelli A, Bernardini L, Parazzini C, Bianchi V, Torres B, et al. Association of syndromic mental retardation with an Xq12q13.1 duplication encompassing the oligophrenin 1 gene. Am J Med Genet A. 2008; 146A: 1718-1724. doi: 10.1002/ajmg.a.32365