Диагностические характеристики ПЦР тест-систем при эпизоотологическом обследовании природных очагов чумы Казахстана

Целью данного исследования является определение эффективности сконструированных униплекс-, дуплекси мультиплекс-вариантов ПЦР тест-системы для эпизоотологического обследования природных очагов чумы, определение специфичности и чувствительности ПЦР наборов для выявления возбудителя чумы с атипичными признаками, для исследования переносчиков чумного микроба в природных очагах чумы. Исследование проводили на модели штаммов возбудителя чумы и близкородственных микробов, групповых суспензии блох и клещей. Подбор праймеров для детекции гена caf1, pla иyopE осуществлялся с помощью программного обеспечения Primer 3 и комплекса онлайн-программ BLAST® (Basic Local Alignment Search Tool. Синтез праймеров осуществлялся традиционным фосфоамидитным методом на автоматическом синтезаторе ДНК/РНК H6 (K&A, Германия). Очистка полученных растворов праймеров проводилась методом гель-фильтрации на колонках Centri-Pure N10 (emp Biotech GmbH, Германия). Экстракция геномной ДНК Y.pestis, Y.pseudotuberculosis и Y.enterocolitica осуществлялась с помощью набора QIAamp DNA Mini Kit (QIAGEN, Германия). Тестирование специфичности праймеров и тест-систем проводилось методом стандартной ПЦР. Анализ результатов амплификации осуществлялся стандартным методом горизонтального электрофореза в агарозном геле. В работе использовали штаммы Y.pestis из коллекции музея живых культур (МЖК) КНЦКЗИ, суспензии блох и клещей, собранных в Среднеазиатском пустынном очаге чумы. Впервые в Казахстане сконструированы для производственного изготовления ПЦР тест-системы для детекции чумного микроба в полевых и лабораторных условиях. ПЦР тест-системы на основе праймеров к генам чумного микроба yopE, cafl и pla позволили выявить циркуляцию F1^-(бесфракционных) штаммов чумного микроба. Исследование групповых суспензий блох и клещей, собранных в период эпизоотологического обследования природных очагов чумы, подтвердило специфичность, высокую чувствительность наборов.

чумной микроб, гены cafl, блохи, эпизоотия

1. Айкимбаев А.М. Основы биологической безопасности. - Алматы, 2009. - С. 312.

2. Абдирасилова А.А. Конструирование тест-системы мультиплексной ПЦР для определения чумного микроба // Гигиена, эпидемиология и иммунобиология. Алматы. - 2012. - № 3 (53). - С. 25-29.

3. Бекенов Ж.Е. Современные представления о природных факторах эпидемического потенциала чумы // Вестник КазНМУ - Алматы, 2009. - № 1. -С. 9-15.

4. Брюханов А.Ф., Грижебовский Г.М., Брюханова Г.Д. и др. Использование полимеразной цепной реакции (ПЦР) для обнаружения чумного микроба в полевом материале - блохах Citellophilus tesquorum // Матер. научно-практ. конф., посв. 100-лет. образ. противочумн. службы России. - Саратов, 1997. - Т. 2. -С. 162-163.

5. Норкина О.В., Куличенко А.Н., Величко Л.Н. и др. Обнаружение возбудителя чумы в блохах с использованием полимеразной цепной реакции // Пробл. особо опасн. инф. - Саратов, 1994. - Вып. 4 (74). -С. 158-164.

6. Сагиев З.А., Айкимбаев А.М., Бекенов Е., Кальжан К. Некоторые особенности чумы в Казахстане на современном этапе // Карантинные и зоонозные инфекции в Казахстане. -Алматы, 2002. - Вып. 6. -С. 79-82.