Изменения в молекулярно-генетической структуры Mycobacterium tuberculosis в Республике Саха (Якутии) за 2009–2024 годы: распространение субтипа Beijing B0/W148

Обоснование. В Республике Саха (Якутия) с 2020 года заболеваемость туберкулезом (ТБ) стала ниже среднероссийских показателей на фоне увеличения уровня первичной множественной лекарственной устойчивости (МЛУ) Mycobacterium tuberculosis.

Цель исследования. Проанализировать изменения молекулярно-генетической структуры популяции штаммов M. tuberculosis за 2009–2024 гг.

Материалы и методы. Изучено 669 штаммов за 2009–2014 (первый) и 2022– 2024 гг. (второй) периоды методами RD 207/105/181, SNP– и MIRU-VNTR 24 типирования.

Результаты. Первичная МЛУ (без пре-широкой и широкой лекарственной устойчивости (пре-ШЛУ и ШЛУ) штаммов составила 22,2 % и 24,6 %, пре-ШЛУ

– соответственно 1,0 % и 16,9 % по периодам, ШЛУ – 3,3 % в 2022–2024 гг. Генотип Beijing выявлен во втором периоде у 67,3 % против 43,3 % – в первом (p < 0,001): субтипы Central Asian Russian – 31,0 % против 21,7 % (р = 0,006) и B0/ W148 – 34,0 % против 14,9 % (p < 0,001). Евро-Американская линия M. tuberculosis представлена эндемичным генотипом S (18,0 % – в первом и 13,8 % – во втором периоде), генотипами T, LAM, Ural, H. Во втором периоде, для штаммов B0/ W148 показано увеличение его доли во всех возрастных группах, рост пре-ШЛУ (53,9 % против 7,3 %; (p < 0,001) и обнаружение ШЛУ (6,9 %); для генотипа S выявлено увеличение первичной пре-ШЛУ (33,3 % против 5,7 %; p = 0,002) и установлена ШЛУ в 44,4 %.

Заключение. В популяции M. tuberculosis выявлено увеличение уровня пре-ШЛУ и появление ШЛУ у штаммов Beijing B0/W148 (60,8 %) и генотипа S (60,1 %) в 2022–2024 годах. Штаммы Beijing B0/W148 получили распространение и оказывают влияние на рост доли пре-ШЛУ и появление ШЛУ, как и эндемичный генотип S, что требует дальнейшего наблюдения и усиления контроля за эффективностью лечения, прежде всего, больных со впервые выявленным ТБ.

1. Заболеваемость с впервые в жизни установленным диагнозом туберкулеза органов дыхания на 100 тыс. населения. URL: https://fedstat.ru/indicator/41711. [date of access: Jan 28, 2025]

2. Васильева И.А. Вопросы повышения качества противотуберкулезных мероприятий в Российской Федерации. 2023. URL: https://orenotd.orb.ru/upload/uf/6bc/r5ddprn0bgm612smhnqzvkxerk99qp2e/Vasileva-28.09.2023-VKS-Minzdrav-_5_5_-.pdf. [date of access: Jan 28, 2025]

3. Жданова С.Н., Огарков О.Б., Винокурова М.К., Алексеева Г.И., Кравченко А.Ф., Савилов Е.Д. Моделирование эпидемического распространения генотипа Вeijing Мycobacterium tuberculosis в Республике Саха (Якутия). Туберкулез и болезни легких. 2017; 95(7): 40-47.

4. Синьков В.В., Алексеева Г.И., Жданова С.Н., Винокурова М.К., Прокопьев Е.С., Огарков О.Б. Место эндемичного для Республики Саха (Якутия) генотипа S возбудителя туберкулеза в глобальной филогении по результатам полногеномного секвенирования. Туберкулез и болезни легких. 2023; 101(5): 14-19. doi: 10.58838/20751230-2023-101-5-14-19

5. Евдокимова Н.Е., Винокурова М.К., Жданова С.Н., Огарков О.Б., Кравченко А.Ф., Савилов Е.Д. Результаты лечения новых случаев туберкулеза легких в зависимости от основных генотипов Mycobacterium tuberculosis в Республике Саха (Якутия). Туберкулез и болезни легких. 2021; 99(1): 41-47. doi: 10.21292/2075-1230-2021-99-1-41-47

6. Винокурова Д.М., Томаска А.Г. Внутренняя и внешняя миграция в Республике Саха (Якутия): отношение студенческой молодежи. Власть и управление на Востоке России. 2021; 1(94): 177-187. doi: 10.22394/1818-4049-2021-94-1-177-187

7. Жданова С.Н., Вязовая А.А., Лебедева И.Б., Синьков В.В., Кондратов И.Г., Шварц Я.Ш., и др. Циркуляция штаммов Mycobacterium tuberculosis Beijing Central Asian Outbreak в Кемеровской области — Кузбассе в 2018– 2022 годах. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024; 101(5): 628-640. doi: 10.36233/0372-9311-571

8. Merker M, Barbier M, Cox H, Rasigade JP, Feuerriegel S, Kohl TA, et al. Compensatory evolution drives multidrug-resistant tuberculosis in Central Asia. Elife. 2018; 7: e38200. doi: 10.7554/eLife.38200

9. Павленок И.В., Турсунова Н.В., Лацких И.В., Нарышкина С.Л., Смолина Е.А. Основные показатели противотуберкулезной деятельности в Сибирском и Дальневосточном федеральном округе (статистические материалы). – Новосибирск: 2023; 111.

10. Стерликов С.А., Васильева И.А., Михайлова Ю.В., Кудрина В.Г., Тестов В.В. Новое определение и эпидемиология туберкулеза с широкой лекарственной устойчивостью микобактерий туберкулеза в 2020 году. Туберкулез и болезни легких. 2023; 101(2): 14-19. doi: 10.58838/2075-1230-2023-101-2-14-19

11. Габбасова Л.А., Касаева Т.Ч., Стерликов С.А., Нечаева О.Б., Обухова О.В., Одинцов В.Е. Отраслевые и экономические показатели противотуберкулёзной работы в 2009–2014 гг. Методика расчёта показателей и статистические материалы по результатам пятилетнего наблюдения. – М.: РИО ЦНИИОИЗ, 2015; 68.

12. Андреевская С.Н., Ларионова Е.Е., Киселева Е.А., Черноусова Л.Н., Эргешов А.Э. Сравнительная молекулярно-генетическая характеристика культур Mycobacterium tuberculosis, выделенных в Европейской части Российской Федерации в 1998–2003 гг. и 2016–2021 гг. Туберкулез и болезни легких. 2023; 101(3): 27-36. doi: 10.58838/2075-1230-2023101-3-27-36

13. Vyazovaya A, Gerasimova A, Mudarisova R, et al. Genetic Diversity and Primary Drug Resistance of Mycobacterium tuberculosis Beijing Genotype Strains in Northwestern Russia. Microorganisms. 2023; 11(2): 255. doi: 10.3390/microorganisms11020255

14. Umpeleva T, Chetverikova E, Belyaev D, et al. Identification of genetic determinants of bedaquiline resistance in Mycobacterium tuberculosis in Ural region, Russia. Microbiol Spectr. 2024; 12: e03749-23. doi: 10.1128/spectrum.03749-23

15. Vyazovaya A, Felker I, Schwartz Y, Mokrousov I. Population structure of Mycobacterium tuberculosis from referral clinics in Western Siberia, Russia: Before and during the Covid-19 pandemic. Infect Genet Evol. 2022; 103: 105343. doi: 10.1016/j.meegid.2022.105343

16. Варламов Р.К., Прокопьев Е.С., Лугинова Е.Ф. Влияние ограничительных мероприятий по COVID-19 на выявляемость туберкулеза у детей и подростков. Туберкулез и болезни легких. 2024; 102(3): 71-75. doi: 10.58838/2075-1230-2024-102-3-71-75

17. Trajman A, Felker I, Alves LC, Coutinho I, Osman M, Meehan SA, et al. The COVID-19 and TB syndemic: the way forward. Int J Tuberc Lung Dis. 2022; 26(8): 710-719. doi: 10.5588/ijtld.22.0006

18. Жданова С.Н., Кондратов И.Г., Огарков О.Б. Выявление Mycobacterium tuberculosis Beijing Central Asian Outbreak в Иркутской области. Acta Biomedica Scientifica. 2024; 9(4): 237-247. doi: 10.29413/ABS.2024-9.4.26

19. Merker M, Rasigade JP, Barbier M, et al. Transcontinental spread and evolution of Mycobacterium tuberculosis W148 European/Russian clade toward extensively drug resistant tuberculosis. Nat Commun. 2022; 13(1): 5105. doi: 10.1038/s41467-022-32455-1

20. Синьков В.В., Огарков О.Б. Популяционная структура субтипа B0/W148 Mycobacterium tuberculosis: филогенетический анализ и особенности генотипической лекарственной устойчивости. Acta Biomedica Scientifica. 2024; 9(4): 248-259. doi: 10.29413/ABS.2024-9.4.27

21. Mokrousov I, Badleeva M, Mudarisova R, Kozhevnikov V, Markhaev A, Guntupova A, et al. Increasing circulation of multi-drug resistant tuberculosis strains in Buryatia, high-burden and ethnically diverse region in the Russian Far East. Tuberculosis (Edinb). 2024; 149: 102555. doi: 10.1016/j.tube.2024.102555