Биоинформационный анализ CRISPR/Cas системы штамма Yersinia pseudotuberculosis IP32953
Аннотация
Цель данного исследования: поиск и расшифровка CRISPR/Cas системы с помощью пакета программ в геноме Y. pseudotuberculosis 1P32953. С помощью объединения результатов 4 программных методов мы обнаружили в геноме штамма Y. pseudotuberculosis IP329353 один набор cas-генов и три локуса: YP1, YP2 и YP3. Через спейсеры кассет были обнаружены протоспейсеры в геномах: Y. pseudotuberculosis, Y. intermedia, Y. similis, Salmonella phage, Enterobacteria phage, и плазмиды Y. pseudotuberculosis IP32953 и Y. pseudotuberculosis IP31758.
Об авторах
Н. П. Перетолчина
ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия
Россия
Ю. П. Джиоев
ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России; ФГБНУ «Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека»
Россия
Россия
А. Ю. Борисенко
ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия
Россия
Е. А. Воскресенская
ФБУН «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера»
Россия
Россия
А. И. Парамонов
ФГБНУ «Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека»
Россия
Россия
Л. А. Степаненко
ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия
Россия
О. В. Колбасеева
ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия
Россия
В. И. Злобин
ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия
Россия
Список литературы
1. Abby S.S., Néron B., Ménager H., Touchon M., Rocha E.P. (2014). MacSyFinder: a program to mine genomes for molecular systems with an application to CRISPR-Cas systems. PloS one, 9 (10), e110726.
2. Biswas A., Gagnon J.N., Brouns S.J., Fineran P.C., Brown C.M. (2013). CRISPRTarget: bioinformatic prediction and analysis of crRNA targets. RNA biology, 10 (5), 817-827.
3. Bland C., Ramsey T.L., Sabree F., Lowe M., Brown K., Kyrpides N.C., Hugenholtz P. (2007). CRISPR recognition tool (CRT): a tool for automatic detection of clustered regularly interspaced palindromic repeats. BMC bioinformatics, 8 (1), 1.
4. Edgar R.C. (2007). PILER-CR: fast and accurate identification of CRISPR repeats. BMC bioinformatics, 8 (1), 1.
5. Eppinger M., Rosovitz M.J., Fricke W.F., Rasko D.A., Kokorina G., Fayolle C., Ravel J. (2007). The complete genome sequence of Yersinia pseudotuberculosis IP31758, the causative agent of Far East scarlet-like fever. PLoS Genet, 3 (8), e142.
6. Gaj T., Gersbach C.A., Barbas C.F. (2013). ZFN, TALEN, and CRISPR/Cas-based methods for genome engineering. Trends in Biotechnology, 31 (7), 397-405.
7. Gasiunas G., Sinkunas T., Siksnys V. (2014). Molecular mechanisms of CRISPR-mediated microbial immunity. Cellular and Molecular Life Sciences, 71 (3), 449-465.
8. Grissa I., Vergnaud G., Pourcel C. (2007). CRIS-PRFinder: a web tool to identify clustered regularly interspaced short palindromic repeats. Nucleic Acids Research, 35 (2), W52-W57.
9. Hammerl J.A., Freytag B., Lanka E., Appel B., Hertwig S. (2012). The pYV virulence plasmids of Yersinia pseudotuberculosis and Y. pestis contain a conserved DNA region responsible for the mobilization by the self-transmissible plasmid pYE854. Environmental Microbiology Reports, 4 (4), 433-438.
10. Johnson M., Zaretskaya I., Raytselis Y., Merezhuk Y., McGinnis S., Madden T.L. (2008). NCBI BLAST: a better web interface. Nucleic Acids Research, 36 (2), W5-W9.
11. Makarova K.S., Haft D.H., Barrangou R., Brouns S.J., Charpentier E., Horvath P., van der Oost J (2011). Evolution and classification of the CRISPR-Cas systems. Nature Reviews Microbiology, 9 (6), 467-477.
12. Overbeek R., Begley T., Butler R.M., Choudhuri J.V., Chuang H.Y., Cohoon M., Fonstein M. (2005). The subsystems approach to genome annotation and its use in the project to annotate 1000 genomes. Nucleic Acids Research, 33 (17), 5691-5702.
13. Pourcel C., Salvignol G., Vergnaud G. (2005). CRISPR elements in Yersinia pestis acquire new repeats by preferential uptake of bacteriophage DNA, and provide additional tools for evolutionary studies. Microbiology, 151 (3), 653-663.
14. Rousseau C., Gonnet M., Le Romancer M., Nicolas J. (2009). CRISPI: a CRISPR interactive database. Bioinformatics, 25 (24), 3317-3318.
15. Zhou Y., Liang Y., Lynch K.H., Dennis J.J., Wishart D.S. (2011). PHAST: a fast phage search tool. Nucleic Acids Research, gkr485.
Для цитирования:
Перетолчина Н.П., Джиоев Ю.П., Борисенко А.Ю., Воскресенская Е.А., Парамонов А.И., Степаненко Л.А., Колбасеева О.В., Злобин В.И. Биоинформационный анализ CRISPR/Cas системы штамма Yersinia pseudotuberculosis IP32953. Acta Biomedica Scientifica (East Siberian Biomedical Journal). 2016;1(5):64-67. https://doi.org/10.12737/23384
For citation:
Peretolchina N.P., Dzhioev Y.P., Borisenko A.Y., Voskresenskaya E.A., Paramonov A.I., Stepanenko L.A., Kolbaseeva O.V., Zlobin V.I. Bioinformational analysis of Yersinia pseudotuberculosis IP32953 CRISPR/cas system. Acta Biomedica Scientifica (East Siberian Biomedical Journal). 2016;1(5):64-67. (In Russ.) https://doi.org/10.12737/23384
Просмотров: 207
Послать статью по эл. почте 