Preview

Acta Biomedica Scientifica

Расширенный поиск

ПРИМЕНЕНИЕ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ ПРЕДСКАЗАНИЯ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ЗАКОНОМЕРНЫХ СВЯЗЕЙ МУТАЦИЙ В БЕЛКАХ ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА И ПРОЯВЛЕНИЙ ЕГО ФЕНОТИПИЧЕСКИХ ПРИЗНАКОВ

Полный текст:

Аннотация

Исследуются закономерные связи между аминокислотными последовательностями белков C, prM, E и NS1 штаммов вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) и их тремя фенотипическими признаками - нейроинвазивностью, термостабильностью и терморезистентностью. Интенсивность связи оценивается с помощью меры конкурентного сходства. Выбираются подмножества сечений штамма, по особенностям аминокислотного состава которых можно предсказывать значение интересующего фенотипического признака. Показана возможность предсказания пропущенных элементов в данных, как в аминокислотном составе, так и в целевых свойствах. Оценены зависимости между парами фенотипических признаков штаммов.

Об авторах

Н. Г. Загоруйко
Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН; Новосибирский государственный исследовательский университет
Россия


Ю. П. Джиоев
Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека; Иркутский государственный медицинский университет
Россия


И. В. Козлова
Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека; Иркутский государственный медицинский университет
Россия


С. Е. Ткачев
Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН
Россия


Ю. С. Букин
Лимнологический институт СО РАН
Россия


А. И. Парамонов
Иркутский государственный медицинский университет
Россия


А. Ю. Борисенко
Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека
Россия


И. А. Борисова
Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН; Новосибирский государственный исследовательский университет
Россия


В. И. Злобин
Иркутский государственный медицинский университет
Россия


О. А. Кутненко
Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН; Новосибирский государственный исследовательский университет
Россия


Список литературы

1. Верхозина М.М., Злобин В.И., Козлова И.В., Беликов С.И. и др. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика региональной популяции вируса клещевого энцефалита Восточной Сибири // Бюлл. ВСНЦ СО РАМН. - 2002. - Т. 2, № 4. - С. 46-49

2. Загоруйко Н.Г. Прикладные методы анализа данных и знаний. - Новосибирск: ИМ СО РАН, 1999. - С. 270

3. Загоруйко Н.Г., Кутненко О.А. Алгоритм GRAD для выбора признаков // Труды Межд. конференции «Применение многомерного статистического анализа в экономике и оценке качества». - М.: Изд-во МЭСИ, 2006. - С. 81-89

4. Загоруйко Н.Г. Интеллектуальный анализ данных, основанный на функции конкурентного сходства // Автометрия. - 2008. - Т. 44, № 3. - C. 31-40

5. Загоруйко Н.Г. Когнитивный анализ данных. - Новосибирск: Академическое издательство ГЕО, 2013. - 186 с

6. Злобин В.И., Мамаев Л.В., Джиоев Ю.П., Козлова И.В. Генетические типы вируса клещевого энцефалита // Журнал инфекционной патологии. - 1996. - Т. 3, № 4. - С. 13-17

7. Урбах В.Ю. Статистический анализ в биологических и медицинских исследованиях. -М.: Медицина, 1975. - 295 с

8. Brault A.C., Huang C.Y., Langevin S.A., Kinney R.M. et al. A single positively selected West Nile viral mutation confers increased virogenesis in American crows // Nat. Genet. - 2007. - Vol. 39 (9). - P. 1162-1166.

9. Demina T.V., Dzhioev Y.P., Verkhozina M.M., Kozlova I.V. et al. Genotyping and characterization of geographical distribution of tick-borne encephalitis virus variants a set of molecular probes // Journal of Medical Virology. - 2010. - Vol. 82, N 6. - P. 965-976.

10. Fauquet C.M., Mayo M.A., Maniloff J., Desselberger U. et al. Virus Taxonomy. - Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. - San Diego, London: Elsevier Academic Press, 2005. - 1162 p.

11. Maier C.C., Delagrave S., Zhang Z.X., Brown N. et al. A single M protein mutation affects the acid inactivation threshold and growth kinetics of a chimeric flavivirus // Virology. - 2007 Jun. - Vol. 362 (2). - P. 468-474.

12. Mandl C.W., Heinz F.X., Stockl E., Kunz C. Genome sequence of tick-borne encephalitis virus (Western subtype) and comparative analysis of nonstructural proteins with other flaviviruses // Virology. - 1989. - Vol. 173 (1). - P. 291-301.

13. Mandl C.W., Holzmann H., Meixner T., Rauscher S. et al. Spontaneous and engineered deletions in the 3’ noncoding region of tick-borne encephalitis virus: construction of highly attenuated mutants of a flavivirus // J. Virol. - 1998. - Vol. 72 (3). - P. 2132-2140.

14. Mandl C.W. Steps of the tick-borne encephalitis virus replication cycle that affect neuropathogenesis // Virus Res. - 2005. - Vol. 111 (2). - P. 161-174.

15. McMinn P.C. The molecular basis of virulence of the encephalitogenic flaviviruses // J. Gen. Virol. - 1997. - Vol. 78 (Pt. 11). - P. 2711-2722.

16. Wicker J.A., Whiteman M.C., Beasley D.W., Davis C.T. et al. A single amino acid substitution in the central portion of the West Nile virus NS4B protein confers a highly attenuated phenotype in mice / / Virology. - 2006. - Vol. 349 (2). - P. 245-253.

17. Zagoruiko N.G., Borisova I.A., Dyubanov V.V., Kutnenko O.A. Methods of Recognition Based on the Function of Rival Similarity // Pattern Recognition and Image Analysis. - 2008. - Vol. 18, N 1. - Р. 1-6.


Для цитирования:


Загоруйко Н.Г., Джиоев Ю.П., Козлова И.В., Ткачев С.Е., Букин Ю.С., Парамонов А.И., Борисенко А.Ю., Борисова И.А., Злобин В.И., Кутненко О.А. ПРИМЕНЕНИЕ МАТЕМАТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ ПРЕДСКАЗАНИЯ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ЗАКОНОМЕРНЫХ СВЯЗЕЙ МУТАЦИЙ В БЕЛКАХ ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА И ПРОЯВЛЕНИЙ ЕГО ФЕНОТИПИЧЕСКИХ ПРИЗНАКОВ. Acta Biomedica Scientifica. 2014;(6):89-95.

For citation:


Zagoruyko N.G., Dzhioev Yu.P., Kozlova I.V., Tkachev S.E., Bukin Yu.S., Paramonov A.I., Borisenko A.Yu., Borisova I.A., Zlobin V.I., Kutnenko O.A. APPLICATION OF MATHEMATICAL METHOD PREDICTIONS FOR IDENTIFICATION OF PATTERNS RELATIONS MUTATIONS IN PROTEINS ENCEPHALITIS VIRUS AND A MANIFESTATION OF ITS PHENOTYPIC TRAITS. Acta Biomedica Scientifica. 2014;(6):89-95. (In Russ.)

Просмотров: 207


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2541-9420 (Print)
ISSN 2587-9596 (Online)