MLVA-ТИПИРОВАНИЕ В АНАЛИЗЕ СТРУКТУРЫ ПОПУЛЯЦИИ ШТАММОВ VIBRIO CHOLERAE, ЦИРКУЛИРУЮЩИХ НА ТЕРРИТОРИИ ПРИМОРСКОГО КРАЯ В ПЕРИОД ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОГО БЛАГОПОЛУЧИЯ

С целью изучения популяционной структуры штаммов Vibrio cholerae, циркулирующих в водоемах Приморского края в период эпидемиологического благополучия проведено ретроспективное MLVA-типирование 50 культур, изолированных с 1976 по 2011 гг. В результате выявлена гетерогенность нетоксигенных V cholerae, заключающаяся в вариабельности структуры исследуемых локусов тандемных повторов. Показано, что на фоне эпидемиологического благополучия в водоемах Приморского края циркулируют V. cholerae, представленные не менее чем 30 уникальными и 8 кластерными генотипами. Метод MLVA-типирования обладает высокой дискриминирующей способностью в отношении исследуемых изолятов, индекс Хантера-Гастона составляет 0,988. В отдельных случаях выявлена взаимосвязь генотипа (идентичные и близкородственные аллельные профили) со временем и местом выделения штаммов V cholerae.

эпидемиологическое благополучие аллельный профиль, популяционная структура

1. Балахонов С.В., Миронова Л.В., Урбанович Л.Я. и др. К использованию ПЦР для детекции маркеров патогенности штаммов Vibrio cholerae // Генная диагностика особо опасных инфекций : Материалы 1-й Всероссийской научно-практ. конф. - Саратов, 2000. - С. 23-26.

2. Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Мишанькин М.Б., Сучков И.Ю. и др. Вариабельные тандемные повторы, выявленные при компьютерном анализе генома Vibrio cholerae // Биотехнология. - 2001. -№ 6. - С. 85-88.

3. Марамович А.С., Урбанович Л.Я., Ганин В.С., Миронова Л.В. и др. Холера в Сибири и на Дальнем Востоке на этапах VII пандемии // Бюл. ВСНЦ СО РАМН. - 2004. - № 1, Т. 2. - С. 116-123.

4. Марамович А.С. Научное обоснование системы эпидемиологического надзора за холерой в условиях Сибири и Дальнего Востока : дис.. докт. мед. наук: 14.00.30. - Иркутск, 1983. - 402 с.

5. Миронова Л.В., Балахонов С.В., Урбанович Л.Я. и др. Определение геномных маркеров патогенности штаммов Vibrio cholerae, выделенных в Сибири и на Дальнем Востоке // Бюл. ВСНЦ СО РАМН. - 2004. - № 1, Т. 2. - С. 132-138.

6. Мурначев Г.П., Марамович А.С., Маслов Д.В., Алленов А.В. Холера в Приморье: Эколого-эпидемиологические аспекты - Владивосток, 2009. - 279 с.

7. Онищенко Г.Г., Марамович А.С., Голубинский Е.П., Урбанович Л.Я. и др. Холера на Дальнем Востоке России. Сообщение 1. Эпидемиологическая характеристика вспышки холеры эльтор в г. Владивостоке // Журн. микробиол. - 2000. - № 5. - С. 26-31.

8. Danin-Poleg Y., Cohen L.A., Gancz H., Broza Y.Y. et al. Vibrio cholerae Strain Typing and Phylogeny Study Based on Simple Sequence Repeats // J. Clin. Microbiol. - 2007. -Vol. 45, N 3. - P. 736-746.

9. Ghosh R., Nair G.B., Tang L., Morris J.G. et al. Epidemiological study of Vibrio cholerae using variable number of tandem repeats // FEMS Microbiol Lett. - 2008. -N 288. - P. 196-201.

10. Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson’s index of diversity // J. Clin. Microbiol. - 1988. -Vol. 26 (11). - P. 2465-2466.

11. Kendall E.A., Chowdhury F., Begum Y., Khan A.I. et al. Relatedness of Vibrio cholerae 01/0139 isolates from patients and their household contacts, determined by multilocus - variable number tandem repeat analysis // J. Bacteriol. - 2010. - Vol. 192, N 17. - P. 4367-4376.

12. Ryan E.T. Haiti in the context of the current global cholera pandemic // Emerging Infectious Diseases. -2011. - Vol. 17, N 11. - P. 2175-2176.

13. Satcher D. Emerging infections: getting ahead of the curve // Emerging Infectious Diseases. - 1995. - Vol. 1, N 1. - P. 1-6

14. Selander R.K., Caugant D.A., Ochman H., Musser J.M. et al. Methods of multilocus enzyme electrophoresis for bacterial population genetics and systematic // Appl. Environ. Microbiol. - 1986. - Vol. 51. - P. 873-884.

15. Weekly epidemiological record. - 2013. - Vol. 88, N 31 - P. 321-336.