GENETIC AND ECOLOGICAL CHARACTERISTICS AN ORIGINAL VARIANT BORNE ENCEPHALITIS VIRUS (THE «GROUP 886»), CIRCULATING IN THE BAIKAL REGION
Abstract
New data was obtained about the original version of tickborne encephalitis virus (TBE), circulating in the territory of Eastern Siberia. With the help of molecular hybridization of nucleic acids (MGNA) and genome sequencing we revealed a group of 13 strains having a genetic structure analogous to strain 886-84, which was described earlier as the sole representative of the probable genotype 5. The formation of a separate cluster on the phylogenetic tree, differentiation level of genetic differences from other genotypes more than 12 %, own habitat, ecological relationship with all the links of a vector-borne chain, participation in human pathology, the stability and duration of circulation in nature confirms the validity of certification of «group 886» as a separate TBEV genotype 5.
About the Authors
A. I. Paramonov
Scientific Center of Family Health Problems and Human Reproduction SB RAMS
Russian Federation
Russian Federation
I. V. Kozlova
Scientific Center of Family Health Problems and Human Reproduction SB RAMS
Russian Federation
Russian Federation
M. M. Verkhozina
Center of Hygiene and Epidemiology in the Irkutsk regio
Russian Federation
Russian Federation
Yu. P. Dzhioev
Scientific Center of Family Health Problems and Human Reproduction SB RAMS
Russian Federation
Russian Federation
T. V. Demina
State Medical University
Russian Federation
Russian Federation
E. K. Doroschenko
Scientific Center of Family Health Problems and Human Reproduction SB RAMS
Russian Federation
Russian Federation
O. V. Lisak
Scientific Center of Family Health Problems and Human Reproduction SB RAMS
Russian Federation
Russian Federation
O. O. Fedulina
Scientific Center of Family Health Problems and Human Reproduction SB RAMS
Russian Federation
Russian Federation
References
1. Андаев Е.И., Сидорова Е.А., Борисова Т.И. и др. Клещевой энцефалит в Забайкальском крае и молекулярно-биологическая характеристика возбудителя // Национальные приоритеты России (Специальный выпуск). - 2011. - № 2 (5). - С. 148-150.
2. Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Верхозина М.М. и др. Генетическая вариабельность и генотипирование вируса клещевого энцефалита с помощью дезоксиолигонуклеотидных зондов // Вопр. вирусол. - 2009. -№ 3. - С. 33-42.
3. Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Козлова И.В. и др. Генотипы 4 и 5 вируса клещевого энцефалита: особенности структуры геномов и возможный сценарий их формирования // Вопр. вирусол. - 2012. - № 4. -С. 12-19.
4. Злобин В.И., Беликов С.И., Джиоев Ю.П. и др. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита / Иркутск: РИО ВСНЦ СО РАМН. - 2003. - 272 с.
5. Злобин В.И., Демина Т.В., Беликов С.И. и др. Генетическое типирование штаммов вируса клещевого энцефалита на основе анализа гомологии фрагмента гена белка оболочки // Вопр. вирусол. - 2001. - № 1. -С. 16-21.
6. Злобин В.И., Демина Т.В., Мамаев Л.В. и др. Анализ генетической вариабельности штаммов вируса клещевого энцефалита по первичной структуре фрагмента гена белка оболочки Е // Вопр. вирусол. -2001. - № 1. - С. 2-16.
7. Карань Л.С., Маленко Г.В., Бочкова Н.Г. и др. Применение молекулярно-генетических методов для изучения структуры штаммов вируса клещевого энцефалита // Бюл. СО РАМН. - 2007. - № 4. - С. 34-40.
8. Трухина А.Г. Особенности циркуляции возбудителя КЭ в зоне распространения двух серотипов вируса на территории Прибайкалья: дис.. к.м.н. -Иркутск, 1989. - 176 с.
9. Ecker M., Allison S.L., Meixner T. et al. Sequence analysis and genetic classification of tick-borne encephalitis viruses from Europe and Asia // J. Gen. Virol. - 1999. -Jan; 80 (Pt 1).
10. Heinz F.X., Collet M.S., Purcell R.H. et al. Family Flaviviridae / Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses: 7 report of the International committee of taxonomy of viruses. - San Diego, 2000. - P. 1217-1225.
11. Khasnatinov M.A., Danchinova G.A., Unursaikhan U. et al. Characterizaition of tick borne encephalitis virus that caused the lethal meningoencephalitis human in Mongolia / Inter. Conference Zoonotic Infections Disease and Тourism. - Ulaanbaatar, 2009. - P. 88-93.
12. Loktev VB, Ternovoi VA, Netesov SV. Molecular genetic characteristics of tick-borne encephalitis virus // Vopr Virusol. - 2007. - Sep-Oct; 52 (5).
13. Pletnev A.G., Yamshikov V.F., Blinov V.M. Nucleotide sequence of the genome and complete amino acid sequence of the polyprotein of tick-bofrne encephalitis virus // Virology. - 1990. - V. 174.- P. 250-263.
14. Subbotina EL, Loktev VB. Molecular evolution of the tick-borne encephalitis and Powassan viruses. // Mol Biol. - 2012. - Jan-Feb, 46 (1). - P. 82-92.
15. Tamura K, Peterson D, Peterson N. MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods // Molecular Biology and Evolution. - 2011. - Vol. 28 (10). - P. 2731-2739.
Review
For citations:
Paramonov A.I., Kozlova I.V., Verkhozina M.M., Dzhioev Yu.P., Demina T.V., Doroschenko E.K., Lisak O.V., Fedulina O.O. GENETIC AND ECOLOGICAL CHARACTERISTICS AN ORIGINAL VARIANT BORNE ENCEPHALITIS VIRUS (THE «GROUP 886»), CIRCULATING IN THE BAIKAL REGION. Acta Biomedica Scientifica. 2013;(2(2)):124-129. (In Russ.)
Views:
478
Email this article 
