Козлова Ирина Валерьевна – доктор медицинских наук, руководитель лаборатории молекулярной эпидемиологии и генетической диагностики
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16
Irina V. Kozlova – Dr. Sc. (Med.), Head at the Laboratory of Molecular Epidemiology and Genetic Diagnostics
Timiryazeva str., 16, Irkutsk 664003
Сунцова Ольга Владимировна – кандидат биологических наук, научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и генетической диагностики
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16
Olga V. Suntsova – Cand. Sc. (Biol.), Research Officer at the Laboratory of Molecular Epidemiology and Genetic Diagnostics
Timiryazeva str., 16, Irkutsk 664003
Ткачёв Сергей Евгеньевич – кандидат биологических наук, доцент, ведущий научный сотрудник, руководитель научно-исследовательской лаборатории «Молекулярная вирусология», Институт фундаментальной медицины и биологии
420012, г. Казань, ул. К. Маркса, 74
Sergey E. Tkachev – Senior Research Officer, Head of Research Laboratory “Molecular Virology”, Associate Professor of the Department of Genetics
Karla Marksa str., 74, Kazan 420012
Парамонов Алексей Игоревич – младший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и генетической диагностики
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16
Aleksei I. Paramonov – Junior Research Officer at the Laboratory of Molecular Epidemiology and Genetic Diagnostics
Timiryazeva str., 16, Irkutsk 664003
Дорощенко Елена Константиновна – кандидат биологических наук, научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и генетической диагностики
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16
Elena K. Doroshchenko – Cand. Sc. (Biol.), Research Officer at the Laboratory of Molecular Epidemiology and Genetic Diagnostics
Timiryazeva str., 16, Irkutsk 664003
Лисак Оксана Васильевна – младший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и генетической диагностики
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16
Oksana V. Lisak – Junior Research Officer at the Laboratory of Molecular Epidemiology and Genetic Diagnostics
Timiryazeva str., 16, Irkutsk 664003
Охотина Юлия Сергеевна – младший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и генетической диагностики
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16
Julia S. Okhotina – Junior Research Officer at the Laboratory of Molecular Epidemiology and Genetic Diagnostics
Timiryazeva str., 16, Irkutsk 664003
Обоснование. Изоляцией штаммов вируса клещевого энцефалита европейского субтипа (ВКЭ-Евр) от больных людей было доказано, что в Сибири он участвует в региональной инфекционной патологии и вызывает клиническую картину, сходную с западным КЭ. Однако сравнительный анализ геномов штаммов ВКЭ-Евр, выделенных от людей больных КЭ в Восточной Сибири и в Европе, не проводился.Цель исследования. Сравнительное исследование генома и поиск детерминант вирулентности у штаммов ВКЭ-Евр, изолированных от больных людей из Восточной Сибири и Европы.Материалы и методы. В работе использован штамм 1G-98 ВКЭ-Евр из коллекции ФГБНУ НЦ ПЗСРЧ (GenBank № KY069119). В анализ также включены все полногеномные последовательности штаммов ВКЭ-Евр от людей, депонированные в GenBank на момент начала исследований. Секвенирование генома штамма 1G-98 проведено по методу Сэнгера. Получена характеристика вирулентности штамма при внутримозговом и подкожном заражении лабораторных мышей.Результаты. Показано, что по кодирующей области генома уровень различий штаммов ВКЭ-Евр из Сибири не превышает установленный ранее максимальный для данного субтипа показатель в 3,1 %. Установлено, что штамм 1G-98, выделенный из крови больного КЭ из Иркутской области, характеризуется высокими показателями церебральной и периферической активности. У него выявлена мутация D67G в домене DII белка Е, которая потенциально может быть ассоциирована с вирулентностью, обнаружена протяжённая делеция в вариабельной части 3’-некодирующей области генома, сопоставимая по длине с высоковирулентным штаммом Hypr из Европы.Заключение. Впервые осуществлён сравнительный анализ геномов штаммов ВКЭ-Евр от больных людей из азиатской части России и Европы, показавший их генетическое сходство, выявлены потенциальные детерминанты вирулентности.
Background. Isolation of strains from tick-borne encephalitis (TBE) patients proved that the European subtype tick-borne encephalitis virus (TBEV-Eur) in Siberia is involved in regional human infectious pathology and causes a clinical picture similar to Western TBE. However, a comparative analysis of the genomes of TBEV-Eur strains isolated from TBE patients in Eastern Siberia and Europe has not been carried out.The aim. Genome comparative analysis and search for virulence determinants in TBEV-Eur strains isolated from patients in Eastern Siberia and Northern and Eastern Europe.Materials and methods. In current work, TBEV-Eur strain 1G-98 from the collection of Scientific Сentre for Family Health and Human Reproduction Problems (GenBank Acc. No. KY069119) was used. The analysis also included all complete genome sequences of TBEV-Eur strains from patients submitted in GenBank database at the time the study began. Complete genome sequencing of strain 1G-98 was performed using the Sanger method. The virulence of the strain was assessed by intracerebral and subcutaneous infection of laboratory mice.Results. It has been shown that, according to the coding region of the genomes, the level of differences between TBEV-Eur strains from Siberia does not exceed the previously established maximum for this subtype of 3.1 %. The strain 1G-98, isolated from the blood of TBE patient from the Irkutsk region demonstrated high cerebral and peripheral activity. In this strain, D67G mutation in E protein DII domain was revealed, which could potentially be associated with virulence, and a long deletion in the variable part of the 3’-noncoding genome region, comparable in length to the highly virulent strain Hypr from Europe was found.Conclusions. For the first time, a comparative analysis of the genomes of TBEV-Eur strains from TBE patients from the Asian part of Russia and Europe was carried out showing their genetic similarity, and potential virulence determinants were identified. Key words: tick-borne encephalitis virus, European subtype, genome, amino acid sequence, virulence determinants
The authors declare that there are no conflicts of interest present.