Синьков Вячеслав Владимирович – кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник Института эпидемиологии и микробиологии
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16
Vyacheslav V. Sinkov – Cand. Sc. (Med.), Senior Research Officer at the Institute of Epidemiology and Microbiology
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003
Кондратов Илья Геннадьевич – кандидат биологических наук, научный сотрудник Института эпидемиологии и микробиологии
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16
Ilya G. Kondratov – Research Officer at the Institute of Epidemiology and Microbiology
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003
Огарков Олег Борисович – доктор медицинских наук, директор Института эпидемиологии и микробиологии
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16
Oleg B. Ogarkov – Dr. Sc. (Med.), Head of the Institute of Epidemiology and Microbiology
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003
Жданова Светлана Николаевна – доктор медицинских наук, ведущий научный сотрудник Института эпидемиологии и микробиологии
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16
Svetlana N. Zhdanova – Dr. Sc. (Med.), Leading Research Officer at the Institute of Epidemiology and Microbiology
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003
Носков Александр Петрович – врач-бактериолог
664039, г. Иркутск, ул. Терешковой, 39
Alexander P. Noskov – Bacteriologist
Tereshkovoy str. 59, Irkutsk 664039
Хромова Полина Андреевна – младший научный сотрудник Института эпидемиологии и микробиологии
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16
Polina A. Khromova – Junior Research Officer at the Institute of Epidemiology and Microbiology
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003
Орлова Елизавета Андреевна – аспирант, младший научный сотрудник Института эпидемиологии и микробиологии
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16
Elizaveta A. Orlova – Postgraduate, Junior Research Officer at the Institute of Epidemiology and Microbiology
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003
Лабыгина Альбина Владимировна – доктор медицинских наук, научный сотрудник лаборатории гинекологической эндокринологии
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16
Albina V. Labygina – Dr. Sc. (Med.), Research Officer at the Laboratory of Gynaecological Endocrinology
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003
Рычкова Любовь Владимировна – доктор медицинских наук, профессор РАН, член-корреспондент РАН, директор
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16
Lyubov V. Rychkova – Dr. Sc. (Med.), Professor of the RAS, Corresponding Member of the RAS, Director
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003
Колесникова Любовь Ильинична – доктор медицинских наук, профессор РАН, академик РАН, научный руководитель
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16
Lyubov I. Kolesnikova – Dr. Sc. (Med.), Professor of the RAS, Member of the RAS, Academic Advisor
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003
Обоснование. Бедаквилин – новый и многообещающий противотуберкулёзный препарат, однако при длительном лечении к нему развивается устойчивость. Это связано преимущественно с мутациями в генах atpE и mmpR у M. tuberculosis (МБТ).
Цель работы. Апробация системы автоматизированной интерпретации результатов при прогнозировании устойчивости к бедаквилину на основе молекулярно-биологических данных.
Материалы и методы. ДНК выделяли из штаммов M. tuberculosis, циркулировавших в Иркутской области и Республике Саха (Якутии). Общее количество исследованных ДНК составило 27 штаммов из Якутии и 21 штамм из Иркутской области. Исследование геномов МБТ было проведено на ДНК штаммов, полученных авторами ранее на территориях Иркутской области (n = 5), Республики Саха (Якутия) (n = 4), Республики Бурятия (n = 3), Забайкальского края (n = 4) и Дальнего Востока (n = 8). Для выявления устойчивости к бедаквилину на основе нуклеотидной последовательностей генов и геномных данных мы использовали программу BSATool. При использовании секвенирования по Сэнгеру анализировались гены atpE и mmpR, при полногеномном секвенировании исследовались мутации в этих же последовательностях, а также дополнительно в mmpL5, mmpS5, Rv0678, Rv1979c и pepQ.
Результаты. Обнаружено полное соответствие фенотипических и генотипических результатов оценки устойчивости к бедаквилину для трёх штаммов из Якутии. Кроме того, при анализе геномных данных обнаружен один геном со значимыми мутациями, способными вызвать устойчивость к бедаквилину. Делается вывод об относительно низком распространении мутаций, способных вызвать устойчивость к этому антибиотику, что совпадает с данными других исследователей в России. Сделано заключение о важности молекулярно-биологического анализа генов-мишеней с последующим выявлением устойчивости к бедаквилину in silico.
Background. Bedaquiline is a new and promising anti-tuberculosis drug, but longterm use requires resistance. This is due to mutations in the atpE and mmpR genes in M. tuberculosis (MBT).
The aim of the research was to test a system for automated interpretation of results for predicting resistance to bedaquiline by the molecular data.
Materials and methods. DNA was isolated from strains of M. tuberculosis in the Irkutsk region and Yakutia. The total quantity of DNA samples was 27 strains from Yakutia and 21 strains from the Irkutsk region. The study of MBT genomes was carried out on the DNA previously obtained by the authors in the territories of the Irkutsk region (n = 5), Yakutia (n = 4), Buryatia (n = 3), Zabaykalskiy kray (n = 4) and the Far East (n = 8). We used the BSATool program to detect bedaquiline resistance based on Sanger and genomic data. Sanger sequencing analyzed the atpE and mmpR genes, and whole genome sequencing examined mutations in the same sequences, as well as additionally in mmpL5, mmpS5, Rv0678, Rv1979c, and pepQ.
Results. Complete agreement between the phenotypic and genotypic analysis of resistance to bedaquiline was found for three strains from Yakutia. One genome with significant mutations to bedaquiline was identified. A conclusion was made about the importance of molecular analysis of target genes with subsequent detection of resistance to bedaquiline in silico.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.