Соловаров Иннокентий Сергеевич – младший научный сотрудник лаборатории трансмиссивных инфекций
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16, Россия
Innokentii S. Solovarov – Junior Research Officer at the Laboratory of Arthropod-Borne Infections
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003, Russian Federation
Хаснатинов Максим Анатольевич – доктор биологических наук, ведущий научный сотрудник лаборатории трансмиссивных инфекций
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16, Россия
Maxim A. Khasnatinov – Dr. Sc. (Biol.), Leading Research Officer at the Laboratory of Arthropod-Borne Infections
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003, Russian Federation
Ляпунова Наталья Андреевна – кандидат биологических наук, младший научный сотрудник лаборатории трансмиссивных инфекций
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16, Россия
Natalia A. Liapunova – Cand. Sc. (Biol.), Junior Research Officer at the Laboratory of Arthropod-Borne Infections
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003, Russian Federation
Кондратов Илья Геннадьевич – кандидат биологических наук, научный сотрудник лаборатории эпидемиологически и социально значимых инфекций
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16, Россия
Ilya G. Kondratov – Cand. Sc. (Biol.), Research Officer at the Laboratory of Epidemiologically and Socially Significant Infections
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003, Russian Federation
Данчинова Галина Анатольевна – доктор биологических наук, главный научный сотрудник, руководитель лаборатории трансмиссивных инфекци
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16, Россия
Galina A. Danchinova – Dr. Sc. (Biol.), Head of the Laboratory of Arthropod-Borne Infections
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003, Russian Federation
Обоснование. Аптамеры – небольшие одноцепочечные молекулы ДНК или РНК, обладающие аффинностью к определённой молекуле-мишени. Основным методом получения аптамеров является их отбор с помощью технологии систематической эволюции лигандов с экспоненциальным обогащением (SELEX) к целевой молекуле. Однако способ получения аптамеров зависит от целевого агента и подбирается и оптимизируется каждым исследователем самостоятельно. В данной статье описано получение аптамеров к изоляту вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) сибирского субтипа с помощью фильтрационных колонок Vivaspin 6 (Sartorius, Германия) с отсекающей массой 100 кДа. Разработанная методика получения аптамеров позволила получить пул аффинных аптамеров к ВКЭ.Цель исследования. Разработать метод отбора ДНК-аптамеров, пригодный для получения аптамеров к живой, неочищенной вирусной суспензии вируса клещевого энцефалита, получаемой наработкой от клеточной культуры.Методы. Отбор аптамеров осуществляли на основе модифицированной технологии SELEX с использованием полупроницаемой мембраны. Обогащение специфичного пула аптамеров выполняли с помощью полимеразной цепной реакции с детекцией результатов в режиме реального времени. Расшифровку нуклеотидных последовательностей аптамеров производили с помощью секвенирования по Сенгеру. Прямое вирулицидное действие аптамеров определяли по снижению титра инфекционного вируса после инкубирования с аптамером.Результаты. Разработан метод проведения отбора аффинных ДНКаптамеров к ВКЭ с использованием центрифугирования на фильтрационных колонках Vivaspin 6 (Sartorius, Германия) с отсекающей массой 100 кДа. Проверка ингибирующих свойств ДНК-аптамеров против ВКЭ четырёх выбранных последовательностей не показала активности.Заключение. Описанный метод получения ДНК-аптамеров с использованием колонок Vivaspin может быть успешно применён для получения аптамеров к живой вирусной культуре для вирусов, сопоставимых по размерам с ВКЭ, или крупнее.
Background. Aptamers are small single-stranded DNA or RNA molecules that have an affinity for a specific target molecule. The main method of aptamers construction is the technology of systematic evolution of ligands with exponential enrichment (SELEX). However, the exact approach depends on the nature of target molecules, and is selected and optimized by each researcher independently. The article describes the technique of production of aptamers to the tick-borne encephalitis virus (TBEV) using membrane ultrafiltration with a molecular weight cut-off of 100 kDa. As a result, the pool of aptamers with observable affinity for TBEV is successfully selected and enriched.The aim. To develop the technique suitable for selection of specific DNA aptamers to a live, crude TBEV suspension directly in cell culture supernatant.Materials and methods. The selection of aptamers was carried out using a modified SELEX DNA aptamer technology in combination with semipermeable membrane ultrafiltration using Vivaspin 6 (Sartorius, Germany) concentrators of molecular weight cut-off of 100 kDa. Enrichment of a specific pool of aptamers was performed using real time polymerase chain reaction. Aptamers were sequenced with automated Sanger sequencing method. The direct virucidal effect of the aptamers was determined by the decrease in the titer of the infectious virus after incubation with the aptamer.Results. The pool of aptamers to TBEV was selected and enriched. This aptamer pool expressed affinity both to the infectious TBEV and to the TBEV antigen. Sixteen aptamers were sequenced from this pool and four of them were synthesized and tested for antiviral activity against TBEV. No antiviral activity was observed.Conclusions. The technique developed that can be successfully used to select aptamers to a live virus culture for the viruses comparable in size to TBEV or larger.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.