Хромова Полина Андреевна – младший научный сотрудник лаборатории эпидемиологически и социально значимых инфекций
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16, Россия
Polina A. Khromova – Junior Research Officer at the Laboratory of Epidemiologically and Socially Significant Infections
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003, Russian Federation
Жданова Светлана Николаевна – доктор медицинских наук, ведущий научный сотрудник лаборатории эпидемиологически и социально значимых инфекций
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16, Россия
Svetlana N. Zhdanova – Dr. Sc. (Med.), Leading Research Officer at the Laboratory of Epidemiologically and Socially Significant Infections
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003, Russian Federation
Соловьёва Наталья Сергеевна – кандидат медицинских наук, заведующая бактериологической лабораторией
191036, г. Санкт-Петербург, Лиговский пр., 2-4, Россия
Natalya S. Solovieva – Cand. Sc. (Med.), Head of Bacteriological Laboratory
Ligovsky proezd 2-4, Saint Petersburg 191036, Russian Federation
Синьков Вячеслав Владимирович – кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник лаборатории эпидемиологически и социально значимых инфекций
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16, Россия
Vyacheslav V. Sinkov – Cand. Sc. (Med.), Senior Research Officer at the Laboratory of Epidemiologically and Socially Significant Infections
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003, Russian Federation
Машарский Алексей Эльвинович – кандидат биологических наук, ведущий специалист
199034, г. Санкт-Петербург, Университетская наб., 7/9, Россия
Alexey E. Masharsky – Cand. Sc. (Med.), Leading Specialist
Universitetskaya emb. 7/9, Saint Petersburg 199034, Russian Federation
Вязовая Анна Александровна – кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики
197101, г. Санкт-Петербург, ул. Мира, 14, Россия
Anna A. Vyazovaya – Cand. Sc. (Biol.), Senior Research Officer at the Laboratory of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics
Mira str. 14, Saint Petersburg 197101, Russian Federation
Мокроусов Игорь Владиславович – доктор биологических наук, заведующий лабораторией молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики
197101, г. Санкт-Петербург, ул. Мира, 14, Россия
Igor V. Mokrousov – Dr. Sc. (Biol.), Head of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics Laboratory
Mira str. 14, Saint Petersburg 197101, Russian Federation
Рычкова Любовь Владимировна – доктор медицинских наук, профессор, член-корреспондент РАН, директор
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16, Россия
Lyubov V. Rychkova – Dr. Sc. (Med.), Professor, Corresponding Member of RAS, Director
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003, Russian Federation
Колесникова Любовь Ильинична – доктор медицинских наук, профессор, академик РАН, научный руководитель
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16, Россия
Lyubov I. Kolesnikova – Dr. Sc. (Med.), Professor, Academician of RAS, Academic Director
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003, Russian Federation
Журавлев Вячеслав Юрьевич – кандидат медицинских наук, руководитель отдела лабораторных исследований
191036, г. Санкт-Петербург, Лиговский пр., 2-4, Россия
Vyacheslav Yu. Zhuravlev – Cand. Sc. (Med.), Leading Research Officer, Coordinator of Laboratory Diagnostics Direction, Head of Laboratory for Etiological Diagnostics
Ligovsky proezd 2-4, Saint Petersburg 191036, Russian Federation
Огарков Олег Борисович – доктор медицинских наук, заведующий отделом эпидемиологии и микробиологии
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16, Россия
Oleg B. Ogarkov – Dr. Sc. (Med.), Head of the Laboratory of Epidemiologically and Socially Significant Infections
Timiryazeva str. 16, Irkutsk 664003, Russian Federation
Обоснование. По данным Всемирной организации здравоохранения, Российская Федерация остаётся в списке 30 стран с наиболее высоким бременем туберкулёза, включая его формы с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ). Важнейшей частью этой проблемы является первичный туберкулёз с множественной и широкой лекарственной устойчивостью (ШЛУ), распространяющийся среди детского населения.Цель исследования: сравнительный анализ фенотипического и генотипического профиля лекарственной устойчивости к противотуберкулёзным препаратам (ПТП) по данным полногеномного секвенирования штаммов M. tuberculosis, полученных от детей.Материалы и методы. Было осуществлено полногеномное секвенирование (WGS) 61 изолята M. tuberculosis с поиском мутаций в генах лекарственной устойчивости, выделенного от больных туберкулёзом детей в 2006–2020 гг. из разных регионов РФ, и дальнейшим сопоставлением профиля генетической и фенотипической чувствительности.Результаты. Доминирующее число штаммов принадлежало генотипу Beijing – 82 % (50/61), в частности субтипу Central Asian Russian, B0/W148 и Asian Ancestral. Остальные штаммы были отнесены в группу non-Beijing (Ural, S, LAM) и составили 18 % (11/61) выборки. Из 61 изолята только 14,7 % (9/61) были чувствительными к ПТП, 49,2 % (30/61) – обладали МЛУ и 14,7 % (9/61) – пре-ШЛУ. При сравнении профиля устойчивости (МЛУ/пре-ШЛУ) с соответствующим генотипом было установлено, что изоляты, принадлежащие генотипу Beijing, значимо чаще несли МЛУ/пре-ШЛУ мутации. Расхождения между гено- и фенотипическими профилями лекарственной устойчивости были выявлены в 11,5 % (7/61) случаев.Заключение. Результаты анализа полученных данных свидетельствуют о доминировании эпидемически значимых субтипов Beijing (B0/W148 и Central Asian Russian) в случаях МЛУ и пре-ШЛУ-ТБ. Сделан вывод, что молекулярные механизмы адаптации M. tuberculosis к лечению ПТП не являются уникальными для детской популяции, а отражают общие процессы распространения ЛУ среди штаммов M. tuberculosis в целом по России.
Background. Russian Federation is included in the list of 30 countries with the highest burden of tuberculosis, including MDR tuberculosis. The most important part of this problem is the primary MDR/XDR TB in children.The aim: a comparative analysis of the phenotypic and genotypic profile of drug resistance to anti-tuberculosis drugs (ATP) according to whole genome sequencing of M. tuberculosis strains from children.Materials and methods. Whole genome sequencing (WGS) results of 61 M. tuberculosis isolates from children with tuberculosis in 2006–2020 in the Russian Federation were analyzed for anti-TB drug resistance mutations, according to the WHO catalog and were compared with the results of phenotypic drug sensitivity.Results. The M. tuberculosis belonged to two genetic groups: Beijing genotype – 82 % (50/61) dominant Central Asian Russian (31/50) and B0/W148 (16/50) subtypes, and non-Beijing (Ural, S, LAM) – 18 % (11/61). Three isolates belonged to Asian Ancestral subtype (3/50). Of the 61 isolates, only 14.7 % (9/61) were sensitive to antiTB drugs, 49.2 % (30/61) were MDR and 14.7 % (9/61) were pre-XDR. Comparison of the resistance profile (MDR/pre-XDR) with genotype revealed an upward shift for Beijing isolates, in particular Beijing B0/W148 (15/16) subline compared to other Beijing (19/34) (Chi-square with Yates correction = 5.535; p < 0.05) and nonBeijing (5/12) (Chi-square with Yates correction = 6.741; p < 0.05) subtypes. Discrepancies between genotypic and phenotypic drug resistance profiles were found in 11.5 % (7/61) of cases.Conclusions. Based on the analysis of WGS data, the genotypic characteristics of M. tuberculosis and the most complete set of drug resistance mutations were obtained, indicating a significant prevalence in MDR and pre-XDR TB of cases caused by epidemic subtypes of Beijing (B0/W148 and Central Asian Russian). The molecular mechanisms of adaptation of M. tuberculosis to the treatment of anti-TB drugs are not unique for the child population but reflect the general processes of the spread of MDR/XDR in Russia.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.